A Beginners Guide to Using EndNote X5 for PC 
Author: Jessica Eustace-Cook (eustacj@tcd.ie) 
Version: 1, Date: July 2011
databases and review them without affecting your local library. Many library commands are not 
available in Online Search Mode. When you close Online Search Mode, the display changes to 
Local Library Mode. Try clicking on the three different mode buttons at the left of the toolbar to see 
how the Groups pane changes in the Library window. 
Chapter Four:  
Creating New References 
4.1 Manually creating references 
1. From the top menu select References, New Reference.
2. Pull down the Reference Type menu to display the list of available publication types.  There are many 
pre-defined Reference Types available in EndNote. The most frequently used are Journal Article, Book, 
Book Section (Book Chapter), Theses & Conference Proceeding.  For this example select Journal Article. 
3. Type the details of the following citation to a journal article in the New Reference window following the 
example below: 
Susan M Smith & Tom O’Dowd. (2007) “
Chronic diseases: what happens when they come in 
multiples?
”, 
British Journal of General Practice, vol. 57, no. 537, pp. 268
270 URL: 
http://www.pubmedcentral.nih.gov/articlerender.fcgi?artid=2043326  
Research Notes: EndNote Training, Chapter 1 
Pdf links - insert, remove PDF links in C#.net, ASP.NET, MVC, Ajax, WinForms, WPF
Free C# example code is offered for users to edit PDF document hyperlink (url), like inserting and deleting
add link to pdf; adding links to pdf document
Pdf links - VB.NET PDF url edit library: insert, remove PDF links in vb.net, ASP.NET, MVC, Ajax, WinForms, WPF
Help to Insert a Hyperlink to Specified PDF Document Page
change link in pdf; adding links to pdf in preview
A Beginners Guide to Using EndNote X5 for PC 
Author: Jessica Eustace-Cook (eustacj@tcd.ie) 
Version: 1, Date: July 2011
Use the Tips that follow to give you guidance. 
_________________________________________________________________________________ 
Tips for entering information into the reference fields: 
Author/Editor Names:  
Care must be taken when typing in the Author(s) name(s).  It must be in the correct format:  
Enter the surname first, followed by a comma then the forename(s)/ initial(s) separated by spaces e.g. 
Darwin, Charles or Smith, John J or Murphy, P T   
The comma indicates to EndNote where the author(s) Surname ends.  It is not necessary to enter 
punctuation after the author(s) initial(s) as EndNote will amend the format depending on the output style 
selected.  There should be a space between each forename and/or initial.  The need to enter forenames or 
initials will be dictated by the reference style you will use for your work.  
You must enter the author(s) names as they would usually be spelled e.g. for the author Susan M. Smith 
the correct entry is Smith, Susan M and not smith, susan m .  If no capitalisation is used none will appear 
in the output style*. (*There are some exceptions to this e.g. the Harvard citation style capitalises the 
Authors names) 
Enter the author(s) names one per line, press [Enter] to start a new line within the Author Field.   
If there is no author leave the line blank.   
If you do not know all the authors, then the last author entry should be typed as et al.,   
For multiple-word last names enter as Surname, Forename(s) Initial(s.  The entry for Charles de Gaulle, 
will read de Gaulle, Charles 
For authors with titles e.g. Snr, Jnr, III etc., enter as Surname, Forename, Title. For example:  The entry 
for Albert Smith Jr. will be Smith, Albert, Jr. 
Place commas at the end of corporate authors’ 
names e.g. Microsoft, or Apple Computer Inc.,
Other Fields:  
To move from one field to another use [Tab] to move down or [Shift+Tab] to move up. 
Enter years as a four digit number, for example 2007, 1997 
Enter titles without a period or punctuation at the end.  Allow the title to wrap within the field, DO NOT USE 
ENTER It is best practice to capitalise the title as you would like it to appear in your bibliography.  Be 
consistent with capitalisation.  If possible, follow the guideline(s) for the reference style(s) you are likely to 
use. 
The full journal name should be entered in the field Journal Name For abbreviated formats use the 
Alternative Journal field. 
Page ranges can be entered as complete (1223-1229) or abbreviated (1223-9) ranges.  The style used to 
create the bibliography will amend the page numbers to be either full, abbreviated or first page only.  Do 
not use commas for page numbers in the thousands e.g. 1223 not 1,223. 
Do not enter punctuation, labels, or text styles that are normally part of a bibliographic style. 
For editions, enter as 3
rd
, 5
th
etc. 
4. When you have entered the details for the article, click on the grey X in the right hand corner of the 
screen.  The reference is automatically saved for you.  You also have the option to save the record by 
clicking on File -> Save
. You should now have one reference displayed in you’re my
EndNote Library.enl 
file.  To view or edit the saved reference, double click on it. 
C# PDF Convert to HTML SDK: Convert PDF to html files in C#.net
Embed zoom setting (fit page, fit width). Turn PDF form data to HTML form. Export PDF images to HTML images. Embed PDF hyperlinks to HTML links.
add hyperlink to pdf online; accessible links in pdf
C# Image: Tutorial for Document Management Using C#.NET Imaging
more detailed C# tutorials on each part by following the links respectively are dedicated to provide powerful & profession imaging controls, PDF document, image
clickable pdf links; add hyperlink in pdf
A Beginners Guide to Using EndNote X5 for PC 
Author: Jessica Eustace-Cook (eustacj@tcd.ie) 
Version: 1, Date: July 2011
5.  The record has been given a unique identifier, Smith, 2007#1.  Each subsequent reference will receive 
its own unique number.
4.2 Updating References 
You can update individual references by retrieving information from source databases outside 
EndNote such as Web of Science and PubMed.  
The Find Reference Updates option is available from the References menu and as an icon from the 
Reference window. When you select this option, EndNote searches for and retrieves available field 
updates for the selected reference. If a reliable match is found, EndNote displays a Review Reference 
Updates dialog that shows you all the updates that were found. An error message displays if a reliable 
match cannot be found or if no updates are available.  
4.2.1 To update a reference: 
1. Select (highlight) a reference in the Reference List or open a reference in the Reference Window.  
2. From the References menu, select the Find Reference Updates option to open the Review Reference 
Updates dialog.  
Note: Click the Find Reference Updates icon if you are updating a reference from the Reference Window. 
3. By default the "Merge All Updates into My Reference" check box is selected along with each check box 
for any field that contains update information.  Clear this check box if you want to select specific field 
updates from the Reference Updates panel. 
4. Select the check box of each field update that you want to merge with the reference fields in the My 
Reference panel. Note that if you clear the check box from a field in the Reference Updates panel, then the 
updated information is removed from the same field in the My Reference panel. 
5. If needed, edit the information in the EndNote reference field. 
6. Click the Update Reference button to save your changes. 
7. Click Yes when the Confirmation dialog appears. 
4.3 Direct Export from the Web of Science 
A search result can often be exported directly from a database into an EndNote Library using a “Direct 
Export” feature.  
.NET PDF Document Viewing, Annotation, Conversion & Processing
PDF Write. Insert text, text box into PDF. Edit, delete text from PDF. Insert images into PDF. Edit, remove images from PDF. Add, edit, delete links. Form Process
add hyperlink pdf document; add hyperlink pdf file
VB.NET PDF Convert to HTML SDK: Convert PDF to html files in vb.
Turn PDF images to HTML images in VB.NET. Embed PDF hyperlinks to HTML links in VB.NET. Available zoom setting (fit page, fit width).
check links in pdf; add a link to a pdf in acrobat
A Beginners Guide to Using EndNote X5 for PC 
Author: Jessica Eustace-Cook (eustacj@tcd.ie) 
Version: 1, Date: July 2011
1. From the TCD Library Information Resources page http://www.tcd.ie/library/inforesources.php) locate the 
entry for Web of Science. 
2. In the Topic 
field enter your search terms  “Crime Scene Forensics”
3. Mark records of interest. 
4. Click Submit. 
5. Click on the icon to view your marked list. 
6. From the following screen, click export to reference software. 
7. If EndNote is not open, it will be launched automatically prompting you to locate and  select a library.  If  
EndNote is running the references will be exported to the front window. 
8. Double click a reference to view what has been transferred from the database. 
9. Close the reference after viewing. 
10. Close the Library by clicking the grey X. These references are now saved in the My EndNote 
Library.enl file. 
_________________________________________________________________________ 
Tips 
You should always carefully check the content of the database record against what has been transferred 
into the EndNote library. 
It may be useful to a add a note to the record to state which database the records come from, what date 
the database was searched and perhaps the search terms used.  To globally edit to your records, select 
References, Change and Move Fields.  From the drop down menu by In, select the relevant field and 
enter your notes.  For example, select Name of Database and enter ISI Web of Knowledge.   
To merge the records with the others in your library select [Ctrl+M].  Or click on X in the right-hand corner 
of the screen to close the window and automatically have the records merged into your library. 
_________________________________________________________________________________ 
4.4 Importing downloaded references using a filter 
Not all databases will allow you to directly export information from the database into your EndNote Library.  
If the Direct Export option is not available (PubMed, SciFinder Scholar, Emerald) the results can be 
downloaded as a .txt file and then imported into an EndNote library using an Import Filter file (.enf).  The 
filters, specific to the particular database and supplier are configured to extract relevant information from 
the database record and transfer the information into the appropriate fields in the EndNote library. 
4.4.1 To import a text file from PubMed please follow these instructions: 
A] Direct Import of Files into EndNote 
Importing PubMed files into EndNote 
Part I 
1.   Access PubMed from the TCD Library website 
http://www.tcd.ie/Library/collections/databases.php 
a good starting point and resource page. 
2. Click on P for PubMed and then click on “PubMed
3. A new page will now open click on the hyperlink which says “
TCD-affiliated users may click here for 
access.
4. You will now have access to PubMed 
5..  
Perform your PubMed search. e.g. “swine flu”
6. To mark specific citations for downloading, click the box next to each citation you want to select. To save 
all the citations in the list, do not select any and PubMed will automatically include all. 
7. The following setting will need to be changed and a command used: 
C# PDF Convert to Word SDK: Convert PDF to Word library in C#.net
keeps the elements (like images, tables and chats) of original PDF file and maintains the original text style (including font, size, color, links and boldness
pdf link to attached file; clickable links in pdf from word
How to C#: Basic SDK Concept of XDoc.PDF for .NET
XDoc.PDF for .NET allows C# developers to edit hyperlink of PDF document, including editing PDF url links and quick navigation link in bookmark/outline.
add links to pdf file; adding hyperlinks to pdf documents
A Beginners Guide to Using EndNote X5 for PC 
Author: Jessica Eustace-Cook (eustacj@tcd.ie) 
Version: 1, Date: July 2011
a. Change the display format from “Summary” to MEDLINE by clicking on the pull down menu 
next to the Display button in the gray bar above your search results, select MEDLINE from the list. 
b. 
Now click on the button “Create File.”
c. In the Save  window that appears
sleect Save then you will have option to “Save As”
, select the 
desktop or a folder where you want to save your search. In the file name box, you can use the 
default name (pubmed_result.txt) or type a different file name. 
d. Click on Save. 
8. Proceed to step 1 in the Importing PubMed references section, below. 
B] Importing PubMed References into EndNote 
part II 
1) From the EndNote File menu, click on New to create a new library of references, or Open to add 
references to an existing library. 
2) From the File menu, click Import to open the Import window. 
3) In the Import Data File field, select the file you 
downloaded from PubMed by clicking on Choose File. 
4) In the Import Option field, select the filter you would like 
to use to import your references. Since you downloaded 
your references from PubMedchoose PubMed from your 
list of filters. If you have not previously selected PubMed 
as a filter, select Other Filters from the pull down menu, 
then select the PubMed file. 
5) Under Duplicates, identify what you want EndNote to 
Import All. 
6) Click on Import. You will now see the references from PubMed 
use them as needed. 
4.4.2   Importing to EndNote Using Google Scholar. 
First, set your preferences: 
1. Go to http://scholar.google.com. 
2. Next to the Search button, click ScholarPreferences
3. Scroll down to the “Bibliography Manager"
section. 
VB.NET PDF: Basic SDK Concept of XDoc.PDF
XDoc.PDF for .NET allows VB.NET developers to edit hyperlink of PDF document, including editing PDF url links and quick navigation link in bookmark/outline.
add hyperlink to pdf acrobat; add a link to a pdf in preview
C# Create PDF Library SDK to convert PDF from other file formats
file. Create and save editable PDF with a blank page, bookmarks, links, signatures, etc. Create fillable PDF document with fields.
add link to pdf file; adding a link to a pdf
A Beginners Guide to Using EndNote X5 for PC 
Author: Jessica Eustace-Cook (eustacj@tcd.ie) 
Version: 1, Date: July 2011
4. Select "Show links to import cita
tions into" and then "EndNote.”
5. Click Save Preferences
You are returned to the Google Scholar search page, where you can perform a search. Each search result 
will include the button Import into EndNote
4.5 Connecting from EndNote to the TCD library catalogue, Web of 
Science and PubMed. 
Connection files enable EndNote to connect to, search and retrieve references from databases and 
catalogues.  This method will only work for the TCD Library catalogue, Web of Science and PubMed. 
Users should note that the search interface in EndNote may not be as sophisticated as the search features 
in the database. 
4.5.1 Searching the Library Catalogue using EndNote 
1. Ensure you have installed the TCD Library connection file on your PC or laptop 
(http://www.tcd.ie/Library/Local/EndNote/).  
2. In EndNote, select  
Tools, Online Search, New Search….  
3. The Choose a Connection File window will open.  
4. Search for File by Name, enter Trinity College Library Dublin select this option by clicking on Choose.   
5. When you now go to 
Tools, Online Search, Connect…, 
Trinity College Library Dublin should be 
displayed. 
4.5.2 Searching an Online Database 
Searching an online database is essentially the same as searching your own EndNote library. After 
establishing a connection: 
1. Enter your search term(s) into EndNote’s Search tab at the bottom of the page
2. Choose the appropriate search options. 
A Beginners Guide to Using EndNote X5 for PC 
Author: Jessica Eustace-Cook (eustacj@tcd.ie) 
Version: 1, Date: July 2011
3. Click Search to send the search request to the online database. 
4.  Click on the Search button to start the search. There may be a time delay depending on how many 
references need to be imported. 
5.  After a successful search, EndNote alerts you to the number of references that were found. You have 
the option of retrieving all of the references or a specific range of references. (The order of the retrieved 
references reflects the way they were returned from the server
this is not necessarily alphabetical, 
chronological, or in order of relevance.) 
6.  Choosing OK allows EndNote to begin retrieving references. 
7.  Changing the range of references to be retrieved is useful if you want to check the results of your 
search before downloading the entire set of references. For example, if your search found 200 references, 
you may want to retrieve only references 1-10, then check those references, and either continue 
downloading or change your search criteria. To continue downloading, submit the search again, then 
request only references 11 through 200. 
8.  You can also pause during record retrieval; on the Search tab, click Options and select Pause. Click 
Resume when you want to continue. 
9.  If you are working in Online Search Mode, references are downloaded into a temporary library. The top 
of the window indicates “Online Mode.” 
10. To save references, highlight them (click in the list and use Select All from the Edit menu to select all 
references in the current list, use CTRL+click to select noncontiguous 
references in the list, or use SHIFT+click to select a range of references) and then:  
Go to the References menu and select Copy References to in order to select a new or existing library and 
copy the highlighted references to that selected library 
Note:  strongly recommend that you use the Online mode when running online searches to prevent large 
numbers of references automatically being entered into your Endnote Library 
4.6 Discarding Duplicate References 
1.   If you use the same search strategy to search multiple online sources, you may introduce duplicate 
references into your EndNote library. There are two methods to identify and remove duplicates: 
A Beginners Guide to Using EndNote X5 for PC 
Author: Jessica Eustace-Cook (eustacj@tcd.ie) 
Version: 1, Date: July 2011
2.  You can identify and delete duplicates in your EndNote library after downloading is completed. This 
process allows you to view each duplicate before deleting it. 
4.6.1 Finding Duplicate References. 
To find all of the duplicate references in a library: 
1. With the Library window open, click on the All References group to show all references. 
2. From the References menu, select Find Duplicates. 
EndNote will display a Find Duplicates dialog where you can compare duplicates and decide which version 
to keep and which to delete. 
4.6.2 Discard duplicates during the downloading process: 
To automatically discard
duplicates: 
1.      From the Edit menu, select Preferences.  
2.  Display the Duplicates panel. 
3.  Und
er Online Search Results, select the “Automatically discard duplicates” check box.
Future online searches will automatically use the duplicate detection criteria on this panel to identify and 
discard duplicate references. The duplicates never appear, and are not inserted into the library. This 
means that the number of references saved to your library could be fewer than the number reported found 
on the Confirm Online Search dialog. 
Chapter Five
5.1 Working with references in an EndNote Library 
5.1.1Sorting a Library 
Similar to MS Excel/Access, you can quickly sort your references alphabetically by clicking on the column 
header.  For example click once on the Author column heading in your EndNote Training.enl library will list 
your authors alphabetically.  To reverse the order click again. 
You can also sort references by selecting References, Sort References from the menu toolbar.
5.1.2 Adding information to references 
By adding your own notes to references in the library you can record additional information such as: what 
database the information has come from, date accessed, intended use, or other relevant comments.  
From your EndNote Training.enl library select a reference into which you will add information. 
1. Select References>Show Selected References 
A Beginners Guide to Using EndNote X5 for PC 
Author: Jessica Eustace-Cook (eustacj@tcd.ie) 
Version: 1, Date: July 2011
2. Select Tools > Change and Move Fields 
3. Select Research Notes from the drop down menu. 
4. Type 
I’m adding more information to my references
, click OK.  Click OK for the following two 
confirmation messages. 
5. Double click to view a reference.  Scroll down to the notes field to verify the change. 
6. To return to the complete library, from the menu bar, select  References > Show All References. 
5.1.3 Attaching a PDF to a reference 
Attach a PDF file to the reference. You can attach almost any type of file to the File Attachments field of a 
reference.  
Scroll to the File Attachments field, and from the References menu, select File Attachments > Attach File to 
display a file dialog. 
On the file dialog: 
a. Navigate to the folder 
Program Files\EndNote X5
b. Notice the check box titled “Copy this file to the default file attachment folder and create a relative link.” 
Make sure this box is selected so that EndNote will make a copy of the file to store with the library. That 
way, the attached file is always available to you, even when you 
move the library. 
c. Highlight the file titled 
EndNote.pdf
.  - This is the full EndNote help system located in the EndNote 
program folder. 
d. Click Open to insert the file into the File Attachments field. A file icon will appear in the field. 
A Beginners Guide to Using EndNote X5 for PC 
Author: Jessica Eustace-Cook (eustacj@tcd.ie) 
Version: 1, Date: July 2011
You can attach up to 45 different files to a single reference, and you can double-click a file icon to open the 
file with the default application. 
7. Close the Reference window by choosing Close Reference(C
TRL
+W) from the File menu. 
8. When prompted to save changes, click Yes. Your new reference will appear in the Library window. 
A paper clip icon appears next to the reference to indicate an attached file 
5.1.4 Opening a Linked File or URL 
Once a valid, hyperlinked URL or path and filename appear in a reference, you can open the reference and 
click the hyperlinked text or icon to open the linked URL or file. 
To open a URL from your Endnote Library you have two options 
1.  Highlight your reference in your Endnote Library and right click on your mouse. 
2.  Select URL>Open URL 
Or from the References menu, use the URL>Open URL  
2. To open a File Attachment: 
3. Go to File Attachments>Open File command to look specifically in the File Attachments field to open the 
Internet site or linked file. 
You must have the necessary program installed on your computer in order for EndNote to open a file 
created by another program. For example, to open a PDF file, you must have Adobe Acrobat, Adobe 
Acrobat Reader, or another program that can read PDF files installed on your computer. 
Similarly, EndNote does not include a Web browser. If you do not already have a browser installed, you will 
need to install one before using this feature to open a link to a Web site. 
Chapter Six 
6.1 Searching your EndNote Library 
EndNote provides a powerful and flexible Search Library command that enables you to locate specific 
references or groups of references. For example, you can choose a very general search, one that scans 
the entire library, or you can limit your searches to specific fields (such as Author or Keywords). You can 
also create more complex searches using a variety of operators such as AndOrNotGreater than, Less 
than, and others.  To quickly search your entire library, use the Quick Search item on the Main toolbar. 
With your library list displayed, enter a word or phrase and press ENTER. EndNote executes a general 
search of all fields. You can use the drop-down list to select a recent search term.  If you need a more 
specific or complicated search, use the Search tab. 
6.2 The Search Tab 
To begin a search, display the group of references you want to search and then choose Search Library 
(CTRL+F) from the Tools menu or click the Search tab in the Tab pane. The Search tab appears, 
displaying several empty search lines (you can add  more if necessary). 
search term 
search set list 
comparison list 
field list 
Documents you may be interested
Documents you may be interested