pdfsharp c# example : Add link to pdf SDK software project wpf windows asp.net UWP txt2pajek0-part295

txt2pajek:  
Creating Pajek Files from Text Files 
Jürgen Pfeffer, Andrej Mrvar, Vladimir Batagelj 
October, 2013 
CMU-ISR-13-110 
Institute for Software Research 
School of Computer Science 
Carnegie Mellon University  
Pittsburgh, PA 15213 
Technical Report 
Pfeffer, Jürgen & Mrvar, Andrej & Batagelj, Vladimir (2013). txt2pajek: Creating Pajek Files 
from Text Files. Technical Report, CMU-ISR-13-110, Carnegie Mellon University, School of 
Computer Science, Institute for Software Research. 
Add link to pdf - insert, remove PDF links in C#.net, ASP.NET, MVC, Ajax, WinForms, WPF
Free C# example code is offered for users to edit PDF document hyperlink (url), like inserting and deleting
add url link to pdf; add email link to pdf
Add link to pdf - VB.NET PDF url edit library: insert, remove PDF links in vb.net, ASP.NET, MVC, Ajax, WinForms, WPF
Help to Insert a Hyperlink to Specified PDF Document Page
add a link to a pdf in preview; add hyperlink to pdf in preview
Abstract 
Pajek is a software tool for analysis and visualization of large networks and has been 
under constant development since 1996. In 2004, the first version of txt2pajek was 
released to assist scientists in all areas to create Pajek readable .net files from raw text 
files. In the following years several updates have been released. Now we present a new 
version that incorporates recent advancements in Pajek and more complex network 
structures (e.g. handling of Unicode data, multiplex networks, vectors, partitions). This 
technical report describes the different options in txt2pajek and can also be seen as an 
introduction to creating Pajek network files.  
Keywords: Pajek, network analysis, network data, text files  
Table of Contents
1
Introduction ................................................................................................................. 3
1.1
Pajek Data Format ............................................................................................ 3
1.2
Format of Text Files for txt2Pajek ................................................................... 4
2
Basic Functionality ...................................................................................................... 5
2.1
Files .................................................................................................................. 5
2.2
Separator ........................................................................................................... 6
2.3
Lines ................................................................................................................. 6
2.4
Info.................................................................................................................... 7
3
Advanced Options ....................................................................................................... 7
3.1
Other Line Info ................................................................................................. 7
3.2
Vector/Partition Files ........................................................................................ 8
3.3
Allow Loops ..................................................................................................... 8
3.4
Allow Empty Cells ........................................................................................... 9
3.5
UTF-8 Unicode ................................................................................................. 9
3.6
Multi-Relational Networks ............................................................................. 10
4
Acknowledgements ................................................................................................... 10
5
References ................................................................................................................. 11
C# PDF Library SDK to view, edit, convert, process PDF file for C#
editing PDF document hyperlink (url) and quick navigation link in PDF bookmark. C#.NET: Edit PDF Metadata. PDF SDK for .NET allows you to read, add, edit, update
c# read pdf from url; add links to pdf
RasterEdge .NET Document Imaging Trial Package Download Link.
Extract; C# Read: PDF Image Extract; C# Write: Insert text into PDF; C# Write: Add Image to PDF; C# Protect: Add Password to PDF; C#
add hyperlink to pdf acrobat; add a link to a pdf in acrobat
 Introduction 
Pajek
1
(Nooy, Mrvar, & Batagelj, 2011) is a software tool for analyzing social networks. 
Pajek was developed to support the analysis of very large networks (Batagelj & Mrvar, 
1998), as well as the visualization of networks (Batagelj & Mrvar, 2003). Pajek is used 
by thousands of network researchers in many countries. Recently, textbooks in Japanese 
(Nooy, Mrvar, Batagelj, & 
安田
, 2009) and Chinese (Nooy, Mrvar, & Batagelj, 2012) 
were published.  
Researchers are used to handling their data in statistical tool, spreadsheet programs, or 
databases. A crucial pre-condition for analyzing networks is to convert network data into 
network files that can be read by network tools. This is the purpose of txt2Pajek. In this 
tech report, we describe how to use txt2Pajek to convert data stored in text files to Pajek 
network files. We first review the basics of the Pajek data format and the format of the 
text files that can be used as input for txt2Pajek. Then, we describe the basic process of 
converting text files to Pajek files by using txt2Pajek. Finally, advanced options are 
explored to create Pajek files with additional information (e.g. link labels, temporal 
information, multi-relational networks, vectors, partitions). 
1.1  Pajek Data Format 
Pajek works with a rather easy and straightforward approach in handling data files. It is 
important to know that all Pajek files are plain text files that can be read with any text 
tools. However, you should not use “advanced” text tools like Microsoft Word and the 
like that add formatting information to the text file. Instead, use regular text editors (e.g. 
Textpad, or BabelPad for Unicode files). 
*Vertices 4 
1 "George" 
2 "Susan" 
3 "John" 
4 "Sarah" 
*Edges 
1 2 
2 3 
3 4 
*Vertices 4 
*Vertices 4 
0.25 
0.50 
0.10 
0.70 
Figure 1: Pajek file format. Left: .net network file. Center: .clu partition file.  
Right: .vec vector file.
Most of your activities in Pajek will result in one or more of these three data objects: 
networks, partitions, and vectors. We do not discuss other data objects in this document 
but you can find more about all data objects in the Pajek manual
2
. Networks, vectors, and 
partitions are stored in different file formats that Pajek can read and write. Figure 1 shows 
examples for these three file formats. In contrast to other SNA tools, Pajek stores files in 
1
In Slovenian language Pajek means spider. 
2
http://pajek.imfm.si/lib/exe/fetch.php?media=dl:pajekman.pdf 
C# PDF insert image Library: insert images into PDF in C#.net, ASP
C#.NET PDF SDK - Add Image to PDF Page in C#.NET. How to Insert & Add Image, Picture or Logo on PDF Page Using C#.NET. Add Image to PDF Page Using C#.NET.
convert a word document to pdf with hyperlinks; add links to pdf online
VB.NET PDF insert image library: insert images into PDF in vb.net
VB.NET PDF - Add Image to PDF Page in VB.NET. Guide VB.NET Programmers How to Add Images in PDF Document Using XDoc.PDF SDK for VB.NET.
pdf link; clickable links in pdf from word
plain text format. This has several advantages. First, readability; the files can be opened 
and modified in any text editor. Second, compatibility; files can be exchanged between 
Pajek and other tools quickly and in both directions. Third, it is easy to create files that 
Pajek can read from other tools.  
1.2  Format of Text Files for txt2Pajek 
txt2Pajek works with regular text files. Most tools (e.g. Microsoft Excel) or databases 
have the ability to export data in this format. Look for tabulator separated text files .txt or 
.tab. Comma separated or any other text format is possible, however, we highly 
recommend tab-separated files. Avoid working with advanced text processing tools (e.g. 
Microsoft Word) as these files have additional formatting and other meta-information 
stored in the file. A typical text file that serves as input for txt2Pajek looks like what is 
shown in the left part of Figure 2. You can see three columns, two for node information 
and one column describing the link weights. We call this format edge list, as every line 
describes a single edge in the network. Independently from the complexity of your data, 
the basic form of one edge by line must be guaranteed, e.g.: 
from    to    weight    link.color    link.type    time    etc… 
This approach results in additional columns in the text file for additional information. 
That is the reason why the txt2Pajek user interface consists of many dropdown objects 
which are used to assign a column from the text file to a specific network attribute. In our 
simple example, the text file consists of three columns and four lines (without the header 
line) with different values. These lines can be seen in the Pajek file (Figure 2 center) and 
in the network picture of on the right of Figure 2. Please note that there is no definition of 
nodes in this text file. Nodes are implicitly defined as they are part of links. 
From 
To 
Weight 
Jim 
John 
John 
George 
George 
Berta 
Jim 
George 
*Vertices 4 
1 "Jim" 
2 "John" 
3 "George" 
4 "Berta" 
*Edges 
1 2 1 
2 3 3 
3 4 4 
1 3 3 
Figure 2: edgelist.txt (left) and the resulting Pajek file (center) with four nodes and  
four edges as well as the network visualization (right). 
VB.NET PDF Password Library: add, remove, edit PDF file password
VB: Add Password to PDF with Permission Settings Applied. This VB.NET example shows how to add PDF file password with access permission setting.
adding links to pdf; adding hyperlinks to pdf files
C# PDF Password Library: add, remove, edit PDF file password in C#
C# Sample Code: Add Password to PDF with Permission Settings Applied in C#.NET. This example shows how to add PDF file password with access permission setting.
chrome pdf from link; add links to pdf file
 Basic Functionality 
txt2Pajek 3 has more features than previous versions. To reduce the complexity of the 
tool, there are two layers of options (see tabs in Figure 3), basic options and advanced 
options. In the following we discuss the basic options. On top of the tool you can find 
three buttons. “Run” starts the conversion process, “Info” shows tool information and the 
link to the related web page, “Exit” quits the program. 
Figure 3: The basic functionalities highlighted in the txt2Pajek 3 main window. 
Beside the many options that you have, txt2Pajek makes some decisions on handling your 
text files without giving you the option to change it: 
Multiple lines stay multiple lines. If your input data has multiple lines from A to 
B, then your .net file will have the same number of multiple lines. You can 
aggregate these multiple lines later in Pajek if you want. 
If there are any quotation marks ("), they will be removed from the text. This is 
important as Pajek uses quotation marks to indicate beginning and ending of text 
and additional quotation marks would create errors when loading the file in Pajek. 
2.1  Files 
The first thing you do when starting txt2Pajek is select an input file. You can also select 
multiple input files in the file open dialog by pressing the Shift or the Ctrl key while 
selecting files with the mouse. The output file gets set automatically to the same path and 
How to C#: Basic SDK Concept of XDoc.PDF for .NET
You may add PDF document protection functionality into your C# of PDF document, including editing PDF url links and quick navigation link in bookmark
adding links to pdf document; add hyperlink to pdf in
VB.NET PDF: Basic SDK Concept of XDoc.PDF
You may add PDF document protection functionality into your VB.NET of PDF document, including editing PDF url links and quick navigation link in bookmark
add a link to a pdf in preview; c# read pdf from url
filename as the input file but with a .net extension indicating a network file in Pajek 
format. You can change the name of the output files manually. 
2.2  Separator 
Every text file needs a separator that indicates the separations of different column 
information. txt2Pajek offers four pre-defined separator, tabulator, comma, semi-colon, 
and space (blank). By selecting other, you can use any character or combination of 
characters as separator. However, we strongly recommend using tabulators as separators 
as all other characters could be part of your data. As a matter of fact, mixing values with 
separators is a common error, e.g. 
Name,Country,Value 
John,Austria,1 
Joe,Netherlands, The,2 
will result in an error as the additional comma in Joe’s line cannot be interpreted 
correctly; “The” is not valid for a link value.  
The text field next to “Preview:” tells you whether your separator selections work or not. 
“___” is used to indicate the separator. For instance, if the first line in your text file is 
“nameA,nameB” and “comma” is selected as separator then the preview will show 
“nameA___nameB”. If “other” is selected and “a” is added as other separator, then 
“n___meA,n___meB” is the result. Selecting the right separator is crucial for txt2Pajek in 
order to identify the columns correctly that also appear as values in the dropdown objects 
of the GUI. 
2.3  Lines 
A link in a network is described by two essential pieces of information, a source and a 
sink node. Every link connects two nodes. The columns with these nodes are selected 
with the two dropdowns “1
st
Column” and “2
nd
Column”. The third dropdown selects the 
link values. This selection is optional. If your network is not weighted (no different 
values for links) then “1” is selected to add the value 1 for every link in the network.  
For the “Network Type” there are three different options to select. For one mode 
networks there are two different options, either directed (arcs) or undirected (edges). Two 
mode networks are undirected: 
a) 1-mode undirected (*Edges): 
b) 1-mode directed (*Arcs): 
c) 2-mode undirected (*Edges): 
The option “Header Lines” is used to tell txt2Pajek how many lines from top of the text 
file should be ignored because they include header information and not network 
information. For the example in Figure 2, we would select “1” as the first line should not 
be included to create the network file. 
2.4  Info 
The info window can be seen as protocol. Information about the created networks and 
error messages are written here. 
 Advanced Options 
Advanced options can be found on the “Advanced” tab. The options describe additional 
line information, optional partition and vector files as well as additional options related to 
the text file or the network type. 
Figure 4: Overview of advance features. 
3.1  Other Line Info 
With “other line info” some advanced options are possible. The underlying logic is the 
following: 
prefix    line info    suffix 
You can use this to code any additional information for lines. For instance, if <column> 
represents the column selections of the dropdown of line info 1 or line info 2, then these 
are possible examples for prefix/line info/postfix combinations: 
c <column> 
… 
for line colors
<column>
… 
for line labels 
[<columns>] 
… 
for temporal information
3.2  Vector/Partition Files 
One of the new features of txt2Pajek 3 are the options to create vector and partition files 
during the network creation process. In Pajek, partitions are used to split nodes into non-
overlapping groups based on a nominal variable, e.g. gender, nationality, department, etc. 
Vectors are used to store quantitative information of nodes, e.g. salary, size, etc. as well 
as centrality metrics. The edge list logic of txt2Pajek has two implications for 
incorporating vector and partition information (see Figure 5). First, we need two columns 
for the information, one for each node column. For this example we select “genderA” for 
1
st
column and “genderB” for 2
nd
column. Second, vector and partition information need 
to be redundant as normally nodes occur in more than one line. You can see that Susan is 
twice in the text file and her partition information occurs twice, too
3
. Of course, this can 
be a painful task if you prepare your text file by hand, but when the data is exported from 
a database, this should not be a problem.  
nameA 
genderA  nameB 
genderB 
George 
Susan 
Susan 
John 
John 
Sarah 
*Vertices 4 
1 "George" 
2 "Susan" 
3 "John" 
4 "Sarah" 
*Edges 
1 2 1 
2 3 1 
3 4 1 
*Vertices 4 
Figure 5: Text file to create a network and a partition file (left)  
and the resulting network (center) and partition (right) file. 
3.3  Allow Loops 
A loop is a link from a node to itself. The example in Figure 6 shows that “wei” is 
connected to “wei”. Loops are special in network analysis and it is important to be aware 
of whether your data has loops or not – creating a network with loops should be an 
explicit decision. Consequently, we added the option “Allow Loops” that is not selected 
by default. txt2Pajek always checks for loops and you will get an error message if your 
data contains a loop and this option is unselected. 
3
Technically, the partition or vector information gets assigned when a node occurs for the first time. 
nameA,nameB 
wei,wei 
george,paul 
paul,joa 
Figure 6: Illustrating loops in text files. 
3.4  Allow Empty Cells 
Empty cells can be the result of data errors. If your data has an empty cell the conversion 
process stops and no file is created. But there are cases for which empty cells are 
tolerated or even necessary. The main purpose of empty cells is to include nodes to the 
networks that have no links (isolates). As the link list format just includes nodes that are 
part of links, an empty cell in the link list is the only way of including isolates to a 
network file. In Figure 7 you can see that “Marc” is not connected to a city. The option 
'allow  empty  cells'  creates  a  “*UNKNOWN*”  vertex  (in  case  of  2-mode: 
“*UNKNOWN1*” and “*UNKNOWN2*”). You can delete these nodes later in Pajek; 
then Marc will be an isolate. 
Name 
City 
George 
Pittsburgh 
John 
John 
Paris 
Sue 
Paris 
Marc 
Paris 
Sue 
Georgia 
*Vertices 9 5 
1 "George" 
2 "John" 
3 "Sue" 
4 "Marc" 
5 "***UNKNOWN1***" 
6 "Pittsburgh" 
7 "***UNKNOWN2***" 
8 "Paris" 
9 "Georgia" 
*Edges 
1 6 1 
2 7 1 
2 8 1 
3 8 1 
4 7 1 
5 8 1 
3 9 1 
Figure 7: Empty cells in the text files (left) and the resulting network file (right). 
3.5  UTF-8 Unicode 
UTF-8 is a code format that incorporates special characters from many languages 
(including Japanese and Chinese, see Figure 8). Another term that is used instead of 
UTF-8 is “Unicode”. Regular text editors often do not use Unicode. If you open a UTF-8 
file in those editors you get a warning message that UTF-8 characters are getting 
destroyed. There are special Unicode editors that overcome this problem, e.g. BabelPad, 
XPad, jEdit. The most important thing is that your editor should be capable of saving text 
files as “UFT-8 with Byte Order Mark” or BOM. This is the Unicode format of Pajek. 
10 
Figure 8: Pajek unicode network from the Pajek manual 
3.6  Multi-Relational Networks 
One network can have different groups of lines. For instance, two nodes can be “friends” 
while two other nodes are “colleagues”. You can create different networks for every type 
of links but you can also create one network that incorporates different link types. This is 
called a multi-relational network in Pajek. For txt2Pajek it is necessary to code this 
information in an additional column (see Figure 9). 
nameA 
nameB 
relation 
George 
Susan 
friends 
John 
George 
colleague 
Susan 
John 
friends 
John 
Sarah 
friends 
Victor 
Jim 
colleague 
Jim 
John 
no relation 
*Vertices 6 
1 "George" 
2 "Susan" 
3 "John" 
4 "Sarah" 
5 "Victor" 
6 "Jim" 
*Edges :1 "colleague" 
3 1 1 
5 6 1 
*Edges :2 "no relation" 
6 3 1 
*Edges :3 "friends" 
1 2 1 
2 3 1 
3 4 1 
Figure 9: Multi-relational network. Text file (left) and 
resulting Pajek network file (right). 
 Acknowledgements 
Many people have been using txt2pajek in the last 10 years. Some of them gave 
important feedback that helped to further develop the tool. We would like to thank all of 
them and especially the large Pajek community. For creating txt2Pajek 3 Weiqi Cai from 
Documents you may be interested
Documents you may be interested