pdfsharp table example c# : Add hyperlinks to pdf software application dll windows html asp.net web forms Unix_Commands0-part417

Page 1 of 13 
September 27, 2010 
Unix Commands 
Access Rights (AFS)
FS)
fs la dirname 
list uniqnames/group names and rights in specified directory 
ry 
fs sa . uniqname rl 
grant read and list rights to individual in current directory 
fs sa . uniqname none 
ne 
remove access rights for individual in current directory 
ry 
racl uniqname rl 
grant read and list rights to individual in current directory and 
subdirectories 
Aliases
edit file .cshrc.aliases (always realias after modifying) 
alias alias_name cd /destination_directory 
Change Directories
es
cd 
cd to root/home directory 
cd dirname 
cd into directory 
cd /fusion from /group/boehnke/ 
changes directories to to 
/group/boehnke/fusion 
cd .. 
cd back one directory 
cd .. from /group/boehnke/fusion/ 
goes to 
/group/boehnke 
cd ../../ 
cd back two directories 
cd ../../ from /group/boehnke/fusion/Genotypes 
goes to 
/group/boehnke/ 
pwd 
display current working directory 
Compare Files
diff 
diff file1 file2 
lines starting with < show lines in file1 different than file2 
lines starting with > show lines in file2 different than file1 
-i ignore case 
-B ignore blank lines 
-y output in 2 columns 
diff3 file1 file2 file3 – show differences in 3 files 
diff file1 file2 > diff.txt – output diffs to text file 
tkdiff 
tkdiff file1 file2 (must use Exceed if using Windows) 
! marks differing lines 
Add hyperlinks to pdf - insert, remove PDF links in C#.net, ASP.NET, MVC, Ajax, WinForms, WPF
Free C# example code is offered for users to edit PDF document hyperlink (url), like inserting and deleting
add links to pdf in acrobat; adding hyperlinks to pdf documents
Add hyperlinks to pdf - VB.NET PDF url edit library: insert, remove PDF links in vb.net, ASP.NET, MVC, Ajax, WinForms, WPF
Help to Insert a Hyperlink to Specified PDF Document Page
add links to pdf document; add links to pdf acrobat
Page 2 of 13 
September 27, 2010 
Compress/Uncompress Files
bzip2 
bzip2 filename – zips files smaller than gzip 
bunzip2 
bunzip2 filename – unzips bzip file 
gzip 
gzip filename – zips file 
ile 
-r gzip recursively (subdirectories) 
-n gzip with specified level of compression.  -1 is fast but less 
efficient compression and -9 is slow but most efficient 
compression (default is -6) 
gunzip 
gunzip filename – unzips gzip file 
ile 
gunzip in Perl (-c writes output to stdout) 
if ($file1 =~ /\.gz$/) { 
open(IN, "gunzip -c $file1 |") || 
 die "Unable to uncompress '$file1': $!\n";  
tar (tar files) 
tar -options infile.1 infile.2 > output.file 
-c create 
-f file 
-t table of contents 
-v verbose 
tar (untar files) 
tar -options tarfilename 
-C specify directory to untar the file to 
tar xvf -C directory newtarname 
-f file 
-x extract 
-v verbose 
-z uncompress zipped tar file 
Copy/Delete/Move Files
les
cp 
cp file1 file2 – file1 is kept and file2 is created 
ated 
cp directory/filename .  – copies file to current directory 
mv 
mv file1 file2 – file1 is renamed as file2 
rm 
rm filename – delete filename 
Create Directories
mkdir 
mkdir dirname 
mkdir -p – creates parent directory and subdirectories 
mkdir -p test/one/two creates test, test/one, and test/one/two 
C# PDF Convert to HTML SDK: Convert PDF to html files in C#.net
Embed PDF hyperlinks to HTML links. How to Use C#.NET Demo Code to Convert PDF Document to HTML5 Files in C#.NET Class. Add necessary references:
add links to pdf in preview; add hyperlink to pdf
VB.NET PDF Convert to HTML SDK: Convert PDF to html files in vb.
Turn PDF images to HTML images in VB.NET. Embed PDF hyperlinks to HTML links in VB.NET. Convert PDF to HTML in VB.NET Demo Code. Add necessary references:
add a link to a pdf in acrobat; pdf reader link
Page 3 of 13 
September 27, 2010 
Create Directories
es
(cont.) 
mkdir (cont.) 
mkdir -v – verbose, prints message for each created directory 
tory 
mkdir -v -p test/one/two 
prints 
mkdir: created directory `test' 
mkdir: created directory `test/one' 
mkdir: created directory `test/one/two' 
mkdir -m – mode, set permissions for directory 
mkdir -p -m 740 test/one 
test receives existing permissions – one is group readable 
Remove Directories
rmdir 
rmdir dirname 
/bin/rm –r dirname removes directories containing files 
Directory/Memory Usage
age
df –h 
list available space on fdata (compute19) and clusters 
du 
summarize disk usage of each file 
-h prints in human readable format (50K, 23 M) 
-s summarize 
find 
find –name “filename” (searches currrent directory) 
ectory) 
find –iname “filename” (same as –name, case insensitive) 
find –not –iname “filename” (list files other than filename) 
find . –print 
prints all files in current directory and subdirectories 
find . | xargs grep "rs1004454" 
prints file names (& location) containing rs1004454 
find . –size +128M 
lists all files (and locations) larger than 128 MB 
find –maxdepth 2 –name “filename” 
looks in current directory and one subdirectory 
free 
display memory usage 
-m displays free memory size in MB 
-t displays a line containing the total memory in MB 
fs lq 
fs lq dirname – list quota used in each AFS volume 
ls 
list files in directory 
-a list hidden files 
-l list dates, sizes of files, etc. 
-F puts “/” after directories 
-lt lists date/time stamps starting with recent files 
VB.NET PDF Page Replace Library: replace PDF pages in C#.net, ASP.
all PDF page contents in VB.NET, including text, image, hyperlinks, etc. Replace a Page (in a PDFDocument Object) by a PDF Page Object. Add necessary references:
adding links to pdf; active links in pdf
VB.NET PDF Thumbnail Create SDK: Draw thumbnail images for PDF in
PDF document is an easy work and gives quick access to PDF page and file, or even hyperlinks. How to VB.NET: Create Thumbnail for PDF. Add necessary references:
pdf edit hyperlink; pdf link to specific page
Page 4 of 13 
September 27, 2010 
Directory/Memory Usage
(cont.)   
mon 
displays current information about MOSIX nodes as bar chart 
(first two are fantasia and snowwhite) 
For more information about the cluster, see 
http://csg.sph.umich.edu/docs/cluster/ (done by Terry Gliedt) 
top 
displays ongoing look at processor activity in real time 
uptime 
displays current time, how long the system has been running, 
how many users are currently logged in, and the system load 
averages for the past 1, 5, and 15 minutes 
displays who is logged in and what they are running 
(header line is same line displayed with uptime) 
Permissions
chgrp 
change default group ID of file (owner of file can do) 
chgrp pritzker variables.txt – group pritzker can read 
chgrp fusion variables.txt – group fusion can read 
chgrp -c pritzker –variables.txt 
outputs what was changed 
home0>changed group of `variables.txt' to pritzker 
chgrp -R – recursive on files and directories 
chmod 
change access permissions 
chmod +r filename – grant permission to read the file 
chmod +w filename – grant permission to write/delete the file 
chmod +x filename – make file executable 
chmod u+rwx directory/ – owner has full rights 
chmod ugo+x – owner, group, others can execute 
chmod g+rx directory/ – group has read and execute rights 
chmod o-rwx *  – others  others have no rights 
chmod g=r – group can read 
chmod a+X – add executable permissions to others for files 
already executable by the owner (avoid text files 
recursively set to executable) 
chmod n1n2n3 – n1 is owner, n2 is group, n3 is others 
read = 4, write = 2, execute = 1 (add numbers to 7) 
chmod 750 – owner has full rights, group has read and 
execute, others have none 
.NET PDF SDK | Read & Processing PDF files
by this .NET Imaging PDF Reader Add-on. Include extraction of text, hyperlinks, bookmarks and metadata; Annotate and redact in PDF documents; Fully support all
add a link to a pdf in preview; add a link to a pdf in acrobat
PDF Image Viewer| What is PDF
advanced capabilities, such as text extraction, hyperlinks, bookmarks and Note: PDF processing and conversion is excluded in NET Imaging SDK, you may add it on
pdf link to email; pdf hyperlinks
Page 5 of 13 
September 27, 2010 
Permissions
(cont.) 
chmod (cont.) 
chmod 755 – owner has full rights, group has read and 
nd 
execute, others have read and execute 
chmod 775 – owner has full rights, group has full rights, 
others have read and execute 
chmod n1n2n3 –R – chmod recursively (subdirectories) 
Directories must have executable permissions to be read by 
group. 
chown 
change group ownership of file/directory 
chown :fusion filename/directory (fusion group) 
chown :pritzker filename/directory (pritzker group) 
-R – chown recursively (chown –R :group Directory/) 
umask 
read = 4, write = 2, execute = 1 (subtract numbers from 7) 
create directories with rwxr-xr-x – set umask to 022:  
owner read, write, execute:  7–4–2–1=0  
group read, execute:  7–4–1=2  
others read, execute:  7–4–1=2 
002 – owner is all, group is all, others are read, execute  
007 – owner is all, group is all, others are none  
027 – owner is read, write, execute – group is read, execute – 
others are none  
077 – owner is all, group is none, others is none 
set umask in .cshrc.aliases (umask nnn) 
execute is set on directories; execute has to be manually 
changed on files after they are created (read and write is 
unchanged) 
Printing
(use aliases) 
enscript -FCourier10 -fCourier7 -2r -h -G -P33 
G -P33 
(2 portrait pages side by side with date, time, title, etc.) 
a2ps --landscape -2 --sides=1 --line-numbers=1 
(same format but prettier with line numbers) 
a2ps -1 --line-numbers=1 
(same format but 1 portrait page) 
display available printers - cd /etc and view “printcap” 
lpq 
lpq -P33 (see queued jobs on HP 8100) 
lprm 
lprm –P33 job# (cancel print job on HP 8100) 
Page 6 of 13 
September 27, 2010 
Tokens
Default AFS authentication (tokens) is 25 hours 
hours 
>tokens 
Tokens held by the Cache Manager: 
User's (AFS ID 47778) tokens for afs@sph.umich.edu 
[Expires Aug 28 18:44] 
To extend tokens to 7 days: 
kinit –l 7d; aklog (-l – lifetime) 
The shell script afs.sh issues “kinit; aklog” 
View Files
head 
head filename – view first 10 lines of file 
head -20 filename – view first 20 lines 
head -20 filename > newfile – output to file 
less 
less filename – display output one screen at a time 
more 
more filename – display output one screen at a time 
tail 
tail filename – view last 10 lines of file 
tail -20 filename – view last 20 lines of file 
tail -20 filename > newfile – output to file 
grep 
grep texttofind filetogrep (use quotes for more than 1 word) 
-A # – outputs # lines from file after grepped output 
(-A 2 outputs 2 lines following grepped text) 
-B # - outputs # lines from file before grepped output 
( -B 2 outputs 2 lines preceeding grepped output) 
--color – outputs grepped text in red 
Use quotes and backslashes to grep for periods,  
commas, and dashes (grep ‘\.’ – grep ‘\,’ – grep ‘\-’) 
grep ‘^SNP’ filetogrep – output lines beginning with SNP 
grep ‘SNP$’ filetogrep – output lines ending with SNP 
grep -i – ignore case of pattern 
grep -o ‘pattern’ – print the part of matching lines that 
contain ‘pattern’ 
grep -v  ‘pattern’ – print lines not containing pattern 
grep -n ‘pattern’ – prints line number with the pattern 
Page 7 of 13 
September 27, 2010 
View Files
(cont.) 
grep (cont.) 
grep for lines containing pattern in tab delimited file 
File contains:  one 
two 
three 
10  four 
five 
15  six 
seven  6 
eight 
grep Ctrlv Tab 6 CtrlV filename (Ctrlv is Control + v and Tab 
is the Tab key) returns 
one 
two 
seven 
eight 
grep (use file) 
grep -f file_of_text_to_find filetogrep (-f is filename) 
grep -wf  mylist filetogrep > outputfile (-w is word/string) 
grep (wc) 
grep texttofind filetogrep | wc –l 
(gives count of lines containing pattern) 
egrep 
grep on more than 1 word/string 
egrep -w ‘rs12739426|rs640742|rs10889577’ filetogrep 
(can also use -A2, -B2, --color) 
egrep -v WORD removes all instances of WORD 
zgrep 
grep for text in compressed or gzipped file (Linux only) 
Other
see/use/modify previous commands 
“command &” keeps the window the command was issued in 
available for use 
put command output into a file (see cat, head, tail) 
pipe commands together (see cut) 
equivalent to a return – command; command; command; 
d; 
cd directory; ls; pico filename 
&& 
combine two commands where the second one is run only if 
the first one is successful. 
cd sample && grep s1 stage1.txt 
returns 
sample: No such file or directory (directory is Sample) 
cd Sample && grep s1 stage1.txt will run 
Page 8 of 13 
September 27, 2010 
Other
(cont.) 
use for long input commands (helps with readability) 
echo This could end up being \ 
? a really really long line \ 
? to type! 
This could end up being a really really long line to type! 
(The entry will appear on a single line with 
↑)
or 
cd directory1/directory2/directory3/directory4/ && \ 
zip *.txt 
tab 
use to auto-complete command 
cal/ncal 
cal – show calendar with current date highlighted 
cal -3 – show previous month, current month, and next month 
cal -m – show calendar with Monday as first day of week 
cal -j – show Julian days (one-based starting January 1) 
cal 12 2008 – show December 2008 calendar 
ncal – show calendar in vertical format 
cat 
cat file1 file2 > newfile – newfile contains file1 and file2 
le2 
cat -n file1 file2 > newfile – number lines in newfile 
cat file – display contents of file 
find DOS characters in a Unix file 
cat -v filename | more 
marker,panels^M 
rs340874,SNP0422_Geno7_Metsim^M 
rs4675095,SNP0422_Geno7_Metsim^M 
rs11708067,SNP0422_Geno7_Metsim^M 
^M is DOS newline 
clear 
clear terminal screen 
control characters 
ctrl c – kill job 
ctrl d – end of file 
ctrl s – stop output 
ctrl q – continue output 
ctrl z – suspend current job 
cut 
cut -f1 -d, filename (-d ‘ ’ for space delimited file) 
file) 
outputs column 1 from comma delimited file 
cut -f1-3,5 -d, filename 
outputs columns 1-3 and 5 from comma delimited file 
Page 9 of 13 
September 27, 2010 
Other
(cont.) 
cut (cont.) 
cut -f1-6,8- filename 
ename 
outputs columns 1-6, and 8 to the end of the row 
cut -f1 -d, filename | uniq -c 
outputs column1, prefixes lines by # of occurrences 
cut -f1 -d, filename | sort | uniq –c 
same output but sorted by column 1 
cut -c 1-8 filename cuts columns 1-8 
cut default delimiter is tab 
date 
display date and time (24 hour time) 
dos2unix 
dos2unix filename – convert DOS file to UNIX file 
expand 
converts tabs to spaces 
expand filename > newfilename 
expand -1 filename > newfilename 
converts tab characters to a single space 
(default is 8 spaces including the column text) 
unexpand converts spaces to tabs 
file 
Determine file type (or directory) 
file shell_script_name returns 
shell_script_name: C shell script text executable 
file perl_file_name returns 
perl_file_name:  perl script text executable 
file text_file_name returns 
text_file_name:  ASCII text 
file sybolic_link returns 
link:  symbolic link to ‘linked file’ 
groups 
prints group/groups a user is in 
groups ppwhite returns 
ppwhite : fusion f-dfo pritzker 
history 
view last 100 commands issued 
!history# will repeat command 
join 
join files on common field (must sort files on join field) 
join -j1 2 -j2 1 -e 'null' -t, -a1 file1 file2 > output.csv 
output.csv 
Page 10 of 13 
September 27, 2010 
Other
(cont.) 
join (cont.) 
-j1 2 – file1, field2  
d2  
-j2 1 – file2, field1 
-e 'null' – replace empty fields with null 
-t, –  -t is field delimiter (comma in this example) 
-a1 – output lines only matching file1 
-v1 – output lines in file 1 but not in file 2 
-v2 – output lines in file 2 but not in file 1 
-o list – specify fields to output (if not all fields are used) 
-o 0,1.1,1.2,1.6,2.2,2.3,2.4 – join field, file1 field 1, file1 
field2, file1 field6, file2 field2, etc. (no spaces) 
kill 
kill -9 process# 
(type “ps –f to see jobs and process number) 
ln -s (symbolic link) 
ln -s source_file new_file 
source_file is existing file, new_file is name of symbolic link 
(full path to source_file is required) 
man 
Unix man(ual) – “man grep” will display manual for grep 
nl 
nl filename – numbers lines in filename 
paste 
reattach columns of data 
paste file1 file2 > newfile 
paste -d, file1 file2 > newfile (comma delimeter) 
paste default delimiter is tab 
ps2pdf 
ps2pdf  ps_filename – convert postscript file to pdf file 
rename 
bulk rename with Perl one-liner 
rename chr01.txt, chr02.txt, etc. to chr01.csv, chr02.csv, etc. 
rename -n 's/txt/csv/' chr*.txt 
prints 
chr01.txt renamed as chr01.csv 
chr02.txt renamed as chr02.csv 
-n – no action, show what files will be renamed to 
-v – verbose, print names of files successfully renamed 
-f – force, overwrite existing files 
rename -n 's/c/snp_c/' chr*.txt 
prints 
chr01.txt renamed as snp_chr01.txt 
chr02.txt renamed as snp_chr02.txt 
Documents you may be interested
Documents you may be interested