c# parse pdf content : Remove pdf metadata online application Library tool html asp.net azure online Zeiss%20710%20User%20Guide%208-6-140-part1007

Cornell University - Biotechnology Resource Center – Imaging Facility
Zeiss 710                    
Confocal Microscope              
User Guide 
B46 Weill Hall
BRC Imaging Facility 
8-6-2014 
Remove pdf metadata online - add, remove, update PDF metadata in C#.net, ASP.NET, MVC, Ajax, WinForms, WPF
Allow C# Developers to Read, Add, Edit, Update and Delete PDF Metadata
metadata in pdf documents; clean pdf metadata
Remove pdf metadata online - VB.NET PDF metadata library: add, remove, update PDF metadata in vb.net, ASP.NET, MVC, Ajax, WinForms, WPF
Enable VB.NET Users to Read, Write, Edit, Delete and Update PDF Document Metadata
view pdf metadata; pdf metadata viewer online
Table of Contents 
Startup – General Procedure 
Microscope General Info 
To see your sample thru the microscope  
Zen software – Locate (Eyepieces) 
Zen software – Acquisition 
Configurations 
Smart Setup 
Initial Settings for Live Scan 
Confocal Scanning  
Saving Image Files 
Z-Stack 
10 
Saturated Pixels 
11 
Scale Bar 
11 
Optimizing Image Quality Chart 
12 
Multi-tracking (Sequential Imaging)  
13 
Time Series 
14 
Tile Scan  
14 
Reflected Light Confocal 
15 
Transmitted Light (Bright Field) 
15 
Positions or Multi X-Y-Z 
16 
PhotoBleaching (FRAP) or Photoactivation 
16 
Definite Focus 
17 
Zen Light 2012 Browser 
18 
Adjusting the Brightness and Contrast  
19 
DIC 
20 
Specifications 
21 
Common Errors and Problems 
22 
VB.NET PDF Page Delete Library: remove PDF pages in vb.net, ASP.
Ability to remove consecutive pages from PDF file in VB Enable specified pages deleting from PDF in Visual Basic Online source codes for quick evaluation in VB
pdf metadata reader; pdf remove metadata
VB.NET PDF remove image library: remove, delete images from PDF in
Image: Insert Image to PDF. Image: Remove Image from PDF Page. Image Link: Edit URL. Bookmark: Edit Bookmark. Metadata: Edit, Delete Metadata. Form Process.
change pdf metadata creation date; batch pdf metadata
Startup – General Procedure 
See instructions posted 
Login to computer with net id and netid password 
Start Zen software 
Start System  
Choose objective, add immersion if needed 
Place sample on stage 
Focus on sample with bright field or fluorescence 
Switch to Confocal Acquisition 
Load configuration 
Start Live Scan 
Microscope General Info 
Objectives 
Right focus knob, far buttons will change objectives.   
Objectives are covered with spill protectors but are in 
this order: 
10x is dry –has large top lens and yellow ring 
25x is multi-immersion, has red and green top rings 
o
Remove protective cover 
o
Set black line on knurled ring for immersion 
Oil use red tape setting 
Water use blue tape setting  
40x is water immersion, has blue ring, set knurled ring 
for cover slip thickness (black line to 0.17 = #1.5)  
63x is oil immersion, has black ring and paper collar 
Note: See Stats at end for more info about objectives 
40x H2O 
cover slip setting 
63x Oil 
40x Dipping 
10x Dry 
25xOil/H20  
H2O setting                Oil setting 
Ending your Session: 
Check schedule 
Save your images 
Exit Zen software 
Transfer your files to  
Imaging Lab FileShare 
Logoff Windows 
Lower objective, remove sample 
Wipe oil or water off objective  
STOP HERE 
Total Shutdown: 
Start as above 
See instructions posted 
Also: 
Shut down Windows 
Cover microscope 
NOTE: after hours, if the next 
person is not there,  
Do Total Shutdown. 
When in doubt, do total shutdown. 
Change Objectives 
with buttons on 
Right focus knob 
C# PDF Page Delete Library: remove PDF pages in C#.net, ASP.NET
Free online C# class source code for deleting specified PDF pages in .NET console application. Able to remove a single page from PDF document.
remove metadata from pdf online; add metadata to pdf file
C# PDF Password Library: add, remove, edit PDF file password in C#
Support to add password to PDF document online or in C# String outputFilePath = Program.RootPath + "\\" Remove.pdf"; // Remove password in the input file and
change pdf metadata; rename pdf files from metadata
Stage control 
X-Y joystick - Top button toggles between very slow and 
normal speed (beeps) 
Focus 
o
Manual coarse and fine knobs on each side 
o
Away is up (see arrows above left knob) 
o
You must manual focus the first time 
Quick Focus 
o
Auto up and down with buttons on right focus knob, 
see arrows on scope   
o
Always lower objective with down button before 
placing or removing samples.   
o
Up button returns to previous position 
Do not use up button until you have found the focus manually. 
Sample loading onto microscope 
Put oil or water on objective (not 10x) 
Put sample on stage, cover slip down, center with joy stick 
Manually focus up (away) until immersion liquid contacts sample, lower slightly but don’t 
lose contact with immersion liquid 
Find focus through eyepieces. 
To see your sample thru the microscope  
Without using Zen 
Brightfield 
Touchscreen 
Press ‘Set Work Position’ to get rid of this screen 
Home-Make it Visible for viewing bright field  
Look thru eyepieces and focus up 
Wiggle the stage as you go, look for movement 
Fluorescence
You must Start Zen software first, see next page 
Once you set up for fluorescence, you can change the filters on the 
microscope: 
Fluorescence Filter Cubes:  
Use 2 back buttons on left focus knob to change filters 
Last button 
o
Blue->green->red (towards red) 
Second last button: 
o
Red->green->blue (towards blue) 
If spinning, hit same button twice 
Note: Fluorescence at the microscope uses the Mercury-
Halide lamp, not the lasers.  The Blue and Green filters 
are Long Pass (LP) meaning you will see all colors through them.  
These filters are not used for confocal imaging. 
Make it Visible 
for bright field at 
the eyepieces 
Right Focus Knob 
Quick focus 
Left Focus Knob 
blue>green>red 
red>green>blue 
C# PDF remove image library: remove, delete images from PDF in C#.
Text in PDF. Image: Insert Image to PDF. Image: Remove Image from PDF Page. Cut Image in Page. Link: Edit URL. Bookmark: Edit Bookmark. Metadata: Edit, Delete
delete metadata from pdf; embed metadata in pdf
C# PDF bookmark Library: add, remove, update PDF bookmarks in C#.
Ability to remove and delete bookmark and outline from PDF document. Merge and split PDF file with bookmark. Save PDF file with bookmark open.
remove pdf metadata; pdf metadata viewer
Zen software – Locate (Eyepieces) 
Choose Bright Field or Fluorescence 
If no buttons or buttons don’t work:
Turn on desired lamp 
o
(12% for fluorescence) 
Open shutter 
Close other shutter 
Choose filter (for fluorescence) 
Find sample with eyepieces, focus 
When ready for confocal: 
o
Hit Light Off avoid photobleaching 
o
Acquisition—to do confocal 
Bright Field 
Fluorescence 
VB.NET PDF delete text library: delete, remove text from PDF file
to remove text format by modifying text font, size, color, etc. Other PDF edit functionalities, like add PDF text, add PDF text box and field. Online .NET
pdf metadata editor online; remove metadata from pdf
VB.NET PDF Password Library: add, remove, edit PDF file password
Remove password from PDF. Dim outputFilePath As String = Program.RootPath + "\\" Remove.pdf" ' Remove password in the input file and output to a new file.
read pdf metadata; adding metadata to pdf files
Zen software – Acquisition 
Configurations 
To use an existing configuration you must 
open the folder and choose the config 
Or, open a previous image and Reuse 
To make a new configuration or change an 
existing one, use Smart Setup  
Show all tools should always be checked 
Note:  You have to load a configuration each time you 
start Zen.  It does not load automatically. 
If the software asks about the 561 laser and you have a red dye, say yes to turn it on. 
Smart Setup 
Use this rather than making your own or adding to an existing configuration.  Adding a dye to 
an existing configuration often will not work. 
Choose dyes and colors, starting with lowest wavelength 
Choose Current (default) 
Choose Smartest (Line) 
Apply 
Smart Setup Options 
Name 
Autoscan 
Frame size 
Scan Speed  Bit Depth 
Scan direction 
Pinhole 
Current 
No 
512 x 512 
single 
1 AU 
Quality 
Yes 
1700 X 1700 
12 
single 
1 AU 
Speed 
Yes 
400 x 400 
10 
12 
bi-directional 
1 AU 
Standard 
Yes 
512 x 512 
single 
1 AU 
Widefield Like 
Yes 
512 x 512 
single 
Max 
Note: numbers may vary.  Recommended to use Current (no autoscan) and set these parameters yourself.   
See Optimizing Image Quality for guidance. 
Lasers 
For Green dyes the 488nm laser is turned on with the key on the laser control box 
For Red dyes (rhodamine, dsRed) use 561nm laser.   
405nm (DAPI) and 633nm (AF647) lasers automatically go on as needed 
Note: 488, 514 and 458 nm lines are all from the same laser 
Light Path 
Adjust emission (spectral) regions if desired 
MBS (Main Beam Splitter) Filters 
o
must match laser lines in use 
For a Bright field/DIC image click on T-PMT 
(transmitted light detector)  
Note: bright field uses whatever lasers are on as the light 
source, not a separate lamp 
Detector ChS1 
This channel can be divided into many colors, 
designated S1, S2, etc.  ChS only has one master 
Gain.  To adjust the brightness of the individual S 
channels, use the digital gain.  See next page. 
Notes on layout and windows with blue bars: 
Can be open or closed – click on blue bar 
Can be expanded (Show all on blue bar) or not 
Can be moved, drag blue bar (arrow in upper right corner 
returns to home)  
To make a new column, click in grey area and drag over 
You can save your arrangement of windows using 
Workspace config in the upper right corner of the 
software  
o
Zen2012 is the default 
o
Once loaded or saved, it will load automatically 
every time  
Initial Settings for Live Scan
Note:  see Optimizing Image Quality for more information. 
Acquisition Mode window 
Show All 
Check that correct objective is listed 
Pixel format:  Click on X*Y to change  
Use 512 x 512 or 1024 x 1024 
Bit Depth: use 12 bits for measuring 
fluorescence, else 8 bits 
Use Bi-directional scanning unless using 
very high resolution 
Channels window  
Laser Power (2% is a good starting point) 
Pinhole: 1 AU for optimal section thickness  
Master Gain (~500-750)  
Digital Offset (keep near 0) 
Digital Gain leave at 1.0  
For 4+ colors, use the Digital Gain to 
adjust the S1, S2 channels separately 
Confocal Scanning  
Live for a fast continuous scan 
Continuous for a high quality continuous scan 
(slow)  
Snap to take an image 
Save Immediately or open a new window 
See Saving Images (p8).  
Split to see individual color channels 
Zoom-Crop Box 
You must stop scanning to use 
Position box on object of interest  
Resize, move, rotate  
Live to see zoomed image 
Live Zoom 
Active while live scanning 
Adjust zoom value  
Move, resize, rotate with  
o
Graphic 
o
Values  
o
Sliders 
o
Little arrows (most accurate) 
Reset All to return to zoom 1, center 
You can zoom out to 0.6 but the corners and 
edges may be less bright 
Notes on Zoom:  
Real Optical zoom 
Increases Resolution 
Decreases Image Area 
Resolution 
Collect 2-3 pixels over the smallest object you 
want to resolve 
Do not collect smaller than the minimum pixel 
size 
Use higher mag/NA lens if needed 
Minimum pixel size 
10x pixel size ~ 0.30 um (300 nm) 
25x pixel size ~ 0.10 um (100 nm) 
40x pixel size ~ 0.08 um (80 nm) 
63x pixel size ~ 0.07 um (70 nm) 
Note: To get small pixels but a larger field you can collect 1024 x 1024 pixels or use tiling. 
Can be adjusted while Live Imaging 
Stop First, then Crop 
Saving Image Files 
Single images - Save Immediately  
or open a new document window.   
Z-stack, Time series, Tile, etc are not 
overwritten. You can save later. 
Save files to 
D:\ALL USER IMAGES HERE  
Save files as .czi.   
stores all the hardware settings 
Reuse the settings from any 
image  
Information to see settings 
Copy  Images to Z:Imaging Lab 
FileShare 
Retrieve from CU campus only 
Retrieve and backup in a timely 
manner 
Opening .czi files later 
Zen Lite 2012 Blue or Black 
Free (see below) 
Find in the Imaging Fileshare 
Zeiss 710 folder  
Zen 2012 Full version 
o
On our workstation 
FIJI (is Image J) 
Free software for PC or Mac  
Autosave 
Saves your file automatically  
Breaks up your .czi files 
Separate files for each channel, z-plane, time point or position (not tiles) 
Save as .czi 
o
If you save as .tif, the colors will be wrong 
Name is a base name and will be followed by date, time and other identifiers (ch, z, t) 
Saving .tif images 
Batch Export  
There is a macro that will export a list of files to .tif all at once.  
File- Export to .tif 
See Zen Browser  
Documents you may be interested
Documents you may be interested