c# parse pdf content : Remove metadata from pdf application Library tool html asp.net azure online Zeiss%20710%20User%20Guide%208-6-141-part1008

10 
Z-Stack 
Check Z-Stack box and open window 
Focus (down) to desired starting point 
Set First 
Focus (up) to desired ending point 
Set Last 
Stop scanning 
Choose optimal step size 
Start Experiment 
Note: always focus down to set First.   
Zen only collects against gravity. 
Set Zero 
Only if you want, not required 
Go to Focus window 
Show all 
Manually set zero position 
Optimize Sectioning and Step 
Optimal: 50% section overlap 
o
Best for 3D imaging 
Match Pinhole: no overlap, no gaps 
X:Y:Z=1  gives cubic pixels 
Imaging your Z-Series 
Gallery to see all slices  
Ortho- gives you a cross section at 
any location, cover slip (start point) 
is to the outside 
3D – to do a live rotation. 
o
Use Maximum Projection  
o
House icon to return 
o
Create image to save 
Cut—slices in another direction 
Note:  Volocity is another software option for doing 3D 
visualization and analysis
Remove metadata from pdf - add, remove, update PDF metadata in C#.net, ASP.NET, MVC, Ajax, WinForms, WPF
Allow C# Developers to Read, Add, Edit, Update and Delete PDF Metadata
add metadata to pdf; modify pdf metadata
Remove metadata from pdf - VB.NET PDF metadata library: add, remove, update PDF metadata in vb.net, ASP.NET, MVC, Ajax, WinForms, WPF
Enable VB.NET Users to Read, Write, Edit, Delete and Update PDF Document Metadata
pdf metadata online; pdf metadata extract
11 
Saturated pixels 
Range Indicator 
Check Range Indicator 
Saturated pixels are red,  
Black (zero value) pixels are blue.   
Use Split view and adjust each channel 
Aim for a few red and a few blue pixels, 
max 
For quantification, avoid all red and blue 
pixels  
collect 12 bit images 
See Optimizing Image Quality  
Note: You can always make your images brighter  
and the background blacker, with image processing, but you 
cannot unsaturate pixels after acquisition 
Merged Image-Fewer channels 
To remove a channel from the Merged Image, 
Click on the name of the channel above the color 
bar, eg Ch1 or T-PMT.  This only changes what 
you view, the image is still acquired and saved. 
Scale Bar 
Overlay    
Click on ruler 
Click on image and drag to set length.   
Change color, etc 
To save scale bar on image:   
Change to single image (2D vs Split) 
Use 100% for screen zoom 
File-Export  
Choose High resolution contents of image 
window 
Choose channels 
Save as tif 
Note: scale bar is saved as a screen shot.   
Saving contents of image window will save exactly  
what you see in the Image Window.   
You can also save a series. 
VB.NET PDF remove image library: remove, delete images from PDF in
Insert Image to PDF. Image: Remove Image from PDF Page. Image: Copy, Paste, Cut Image in Page. Link: Edit URL. Bookmark: Edit Bookmark. Metadata: Edit, Delete
batch edit pdf metadata; search pdf metadata
VB.NET PDF Page Delete Library: remove PDF pages in vb.net, ASP.
Able to remove a single page from adobe PDF document in VB.NET. Ability to remove consecutive pages from PDF file in VB.NET. Enable
c# read pdf metadata; pdf xmp metadata editor
12 
Optimizing Image Quality 
Option 
Optimal Range  
What it Does 
Pros 
Cons 
Increasing Brightness 
Master gain - increase 
450-750+ 
Amplifies signal, makes 
image brighter 
No effect on 
photobleaching 
High gains amplify noise 
Laser Power - increase  2% - 20% 
More excitation light 
No increase in noise 
Can increase photobleaching 
Pinhole -  open wider 
1AU - > 
Collects thicker slice, more 
emission light 
No effect on 
photobleaching 
Decreases Z resolution 
Adjust Display 
Best Fit or  
min/max 
Only affects view, not data  See low signal better  Use with 12 bit images 
Increasing Signal to Noise Ratio 
Master Gain - decrease  < 700 
Lower brightness of image   Image less noisy 
Need to increase laser power 
Line Average - increase  2-8 
Repeats scans to collect 
more excitation light 
Image less noisy 
Slow, increases photobleaching 
Scan Speed -  decrease  7-9 
Slower speed collects more 
excitation light 
Image less noisy 
Slow, increases photobleaching 
Increasing Speed 
Scan Speed 
>9 
Scans faster 
Fast, less damage 
Collects less light 
Bidirectional Scanning 
On or Off 
Scans in both directions 
Cuts time in half,  no 
loss of light 
May produce artifacts at high 
resolution 
Increasing Resolution (decreased pixel size) 
Zoom 
up to minimum 
pixel size 
Scans smaller area 
Pixel size is reduced 
Image area reduced,               
increases photobleaching 
# pixels 
1024 x 1024 
Divides image into more 
pixels 
Image area not 
reduced 
Less light per pixel 
Zoom + tiling 
up to minimim 
pixel size 
Scans a larger area 
Pixel size is reduced 
Takes time, increases 
photobleaching, poor stitching 
High NA objective 
1.2-1.4 
Can resolve smaller 
objects 
Thinner slices 
Also higher magnification 
C# PDF Page Delete Library: remove PDF pages in C#.net, ASP.NET
console application. Able to remove a single page from PDF document. Ability to remove a range of pages from PDF file. Free trial package
batch pdf metadata editor; google search pdf metadata
C# PDF Password Library: add, remove, edit PDF file password in C#
String outputFilePath = Program.RootPath + "\\" Remove.pdf"; // Remove password in the input file and output to a new file. int
remove metadata from pdf file; pdf keywords metadata
13 
Multi-tracking (Sequential Imaging)  
Use Smartest (Line) in Smart Setup
Check 
Channels 
Laser Lines 
Colors 
Pinhole 
Main Beam Splitter 
Note: Set Pinhole to 1 AU on track with longest laser 
wavelength 
Start Live scanning  
Adjust 
Gain (use Digital Gain for ChS1 and ChS2) 
Laser Powers, etc 
Save Configuration in upper left corner of 
Zen 
Note: With line method, only the channels (on/off) and 
lasers (on/off) can change between tracks 
Line method is preferred unless you absolutely need to 
change something else between tracks, like pinhole, or 
beam splitter.  Then you need the frame method. This is 
often the case with reflected light.
C# PDF bookmark Library: add, remove, update PDF bookmarks in C#.
Ability to remove and delete bookmark and outline from PDF document. Merge and split PDF file with bookmark. Save PDF file with bookmark open.
remove pdf metadata online; edit pdf metadata online
C# PDF remove image library: remove, delete images from PDF in C#.
Insert Image to PDF. Image: Remove Image from PDF Page. Image: Copy, Paste, Cut Image in Page. Link: Edit URL. Bookmark: Edit Bookmark. Metadata: Edit, Delete
view pdf metadata in explorer; c# read pdf metadata
14 
Time Series 
Click on time series at top 
Set interval and total number of scans 
Start Experiment 
o
If you also have Z-Stack checked, 
you will get an xyzt series 
Definite Focus will keep sample in focus 
over time.  
See more notes below 
Tile Scan  
Use to get large field at high resolution 
Set number of tiles (eg) 
3 x 3 (odd numbers) puts current 
image in the center 
2 x 2 (even numbers) cuts up the 
current image 
2 x 8- can be non-square  
Rotate image to fit tile grid  
Scan overview image for quick view 
Set# tiles 
Set objective 
Start Experiment 
o
You can do a z-stack at each tile, set 
up as usual 
Note:  Tile Scan creates one large image and the 
stitching is not perfect.  To get a perfect, stitched 
image, or to get separate tiles, you can use the 
Multitime Macro.  It tends to be much slower and 
does not rotate.  We will be getting a better stitching 
algorithm. 
C# TIFF: TIFF Metadata Editor, How to Write & Read TIFF Metadata
You can also update, remove, and add metadata. List<EXIFField> exifMetadata = collection.ExifFields; You can also update, remove, and add metadata.
read pdf metadata online; pdf xmp metadata editor
VB.NET PDF delete text library: delete, remove text from PDF file
projects. Basically, you can use robust APIs to select a PDF page, define the text character position, and remove it from PDF document.
change pdf metadata; edit pdf metadata acrobat
15 
Reflected Light Confocal 
Light Path 
Set Main Beam Splitter to T80/R20 
Check box for Reflection 
Create small region under desired laser line 
Can do fluorescence and reflected light 
Note: For brighter fluorescence, use frame sequential 
Will not work with 405 line
Transmitted Light (Bright Field)  
In Light Path window,  
Click on T-PMT.   
Adjust gain and offset  
Gain = brightness 
Offset  =  blackness or contrast 
o
Can be negative to increase contrast 
Uses whatever lasers are active 
o
Changing any laser power affects this 
image 
Note: This image is not an optical section  
For a high quality image see DIC
Reflected Light 
Transmitted  Light  T-PMT 
PMT 
16 
Positions or Multi X-Y-Z 
Click on positions in upper left 
Got to desired X-Y-Z location 
Add position, repeat 
Return to first position 
Start Experiment 
For Z-stack at several positions 
Use the center option to define the z-stack at the first position 
Then just add each location when in the center of the object. 
o
You must do the same range and step size 
for each position 
o
X-Y-Z coordinate is recorded 
o
Software sets an offset to relate to center 
of the first position 
Center Option for Z-series 
Choose Center vs First/Last 
Manually focus to the center of sample 
Hit Center  
Choose Interval, then calculate the # of steps 
needed to get the distance you want and set 
steps 
o
Use the focus window to set the center to zero, if desired 
Range Select 
Will do x-z scan, you can change center or top/bottom on this image
PhotoBleaching (FRAP) or Photoactivation 
Choose Bleach at the top 
o
Time series and Regions should also activate 
Choose # of before scans 
Iterations is the number of scans during the bleaching 
o
More iterations will bleach longer 
Repeat bleach-don’t use this, it repeats the before scans, too. 
Set laser and laser power 
o
405nm at high percent will give fastest bleaching 
o
Slower scan speed will give better bleaching, use fewer iterations 
o
Zoom bleach can be faster but is less spatially accurate 
Define region(s) 
o
Define control regions, too 
o
Choose which to bleach and analyze 
Set up time series 
o
Time series does not include the bleach step, just pauses 
Start Experiment 
Note that a larger region than defined may be bleached, esp above and below the plane 
17 
Definite Focus 
Uses a very far red laser (750nm) to find the coverslip and maintain the same distance from 
the objective to the coverslip.  
It does not follow your moving cells  
Works with a time series +/- Z series, positions, tiling. 
Helps to have >10 sec between acquisitions (end to begin)   
o
Other things are possible with the Multitime Macro 
Touch Pad: 
Home, Settings 
o
Set how often to check focus (this is disabled during the time course and Zen uses 
its own interval so you don’t really need to do this) 
Home, Microscope, XYZ, Definite Focus 
o
ON or Once – watch on Touch Pad or on Power supply  
o
Will be ‘Waiting’ between focus checks on control box   
Watch it on the Touchpad.  Let it check once or twice.   
Hit OFF 
Focus Devices and Strategy (Zen Blue Bar) 
Need to have Time checked 
o
Choose Definite focus 
o
Choose how often to check 
Start Experiment 
You will see it ‘Setting Focus’ on the control box 
Or watch the Touchpad to see it check focus.   
This is usually fast but sometimes can take up to 10 seconds  
Batch Export  
There is a macro that will export a list of files to .tif all at once. 
To Load the macro the first time 
Macro-macro 
Assign macro 
Menu entry - choose 1 or whatever 
….Browse, find  C:\zen\macros\Batch export 
Text, type in Batch Export (this will appear in the dropdown menu) 
Apply, wait 
Close window 
To Use, Macro – Batch Export 
Find directory (folder) – Open 
Highlight files – choose only single image or series files, do not mix 
Single image with raw data or Series with raw data 
For individual channel tifs, check the box for Monochrome 
For merged tifs, leave unchecked and choose channels 
You cannot mix these, you have to do them separately 
You can only use Red, Green, Blue, no other colors 
No greyscale for brightfield images 
Click box for Long file names (?) 
Do not click box for overwrite files 
Name will be the original file name plus ch1, etc 
Choose .tif 
Start Batch Export 
18 
Zen Light 2012 Browser 
Get this free browser from the fileshare where you retrieve your image files.  Look under 
Zeiss710.  Install on any PC anywhere.  They now have a Blue and a Black edition.  Both have 
3D capabilities, but the Black has more confocal features and the Blue has better export and 
image processing features.  If you have a 32bit computer, you can only use the Blue edition. 
Zen Installation Instructions for a 64-bit PC:  (Note: this takes a while.)  
1)  Find the folder Zeiss 710 on the fileshare where you download your files from 
2)      copy this file to your computer: ZEN_2012SP1_black_SP2_blue.exe 
3)      double click to extract 
4)      follow instructions to install but X-out AxioCam, CanCheck, System Maintenance Tool and 
MTB (see pic below) 
5)      Install drivers (there are many) 
6)      This will install both the black and the blue versions 
a.      The black has confocal features-recommended 
b.      The blue has more image processing/analysis features 
c.       Both will do 3D rotations 
Zen Installation Instructions for a 32-bit PC:   
1)      Download and install the 32bit.exe version.  This is only the blue version but you do 
get the 3D rotation feature.  (I think) 
Sorry -- there are no Zen options for a Mac  
Mac and PC users can open .czi files with the FIJI version of ImageJ available at 
http://fiji.sc/Fiji
19 
Using the Zen 2012 Browser 
This looks just like the acquisition software, so you should be able to do basic things.  
Here are some extras: 
Export to .tif 
Use File-Export- Export Raw Data  
Choose single plane or series, RGB image or pallet for single color 
Chose tif, 12 bit tif, 16 bit tif 
Choose Full resolution image window makes the pixel size of the image match the pixel 
size of the monitor.  This is the best way to capture a screen shot.   
Use this to: 
Save a scale bar or other overlay items (numbers, arrows, regions, etc) 
Save a greyscale image or an overlay including greyscale (use single, not tile) 
Save any colors other than Red, Green Blue. 
Contents of image window gives a screen shot of whatever is in the image window. If you zoom 
up (make image pixelated) you will get only the area visible on the screen. 
Processing-Copy-Subset:  to remove frames from a Z-stack or Time series or X-Y crop 
Select current image, Adjust, Apply  
3D 
You can do lots of 3D stuff with ZenLight 2012. 
Rotations 
Surface shadowing 
Make AVI movies 
Etc.  You should just play around. 
For better 3D try Volocity (see Carol or Johanna) 
Adjusting the Brightness and Contrast of your image 
Photoshop (is the BEST) 
Image--Adjustments--Levels 
Choose color(s) 
Adjust histogram with little triangles on right or left of histogram 
Center triangle is gamma, this effects linearity of brightness, use with care 
Gamma can brighten dim areas without saturating already bright areas. 
Save with new name as this is permanent and changes the image data. 
Adobe Elements does the same thing, just look here: 
Enhance—Adjust Lighting—Levels   (Ctrl-L) 
ImageJ (Fiji) 
Image-Adjust-Brightness/Contrast or Color Balance 
This gives you both the histogram adjustment and, brightness and contrast adjustment.   
No gamma 
Note:  Save with a new name.  Always save your raw image or .czi file.  These procedures change the pixel values of 
your image! 
Documents you may be interested
Documents you may be interested