c# convert pdf to image open source : How to fill out pdf forms in reader software control dll winforms web page wpf web forms Format18-part421

PDB File Format v. 3.2 
Page 177 
LINK (updated) 
Overview 
The LINK records specify connectivity between residues that is not implied by the primary structure. 
Connectivity is expressed in terms of the atom names. They also include the distance associated with 
the each linkage following the symmetry operations at the end of each record. 
This record supplements information given in CONECT records and is provided here for convenience 
in searching. 
Record Format 
COLUMNS         DATA TYPE      FIELD           DEFINITION 
------------------------------------------------------------------------------------ 
1 -  6         Record name    "LINK  " 
13 - 16         Atom           name1           Atom name. 
17              Character      altLoc1         Alternate location indicator. 
18 - 20         Residue name   resName1        Residue name. 
22              Character      chainID1        Chain identifier. 
23 - 26         Integer        resSeq1         Residue sequence number. 
27              AChar          iCode1          Insertion code. 
43 - 46         Atom           name2           Atom name. 
47              Character      altLoc2         Alternate location indicator. 
48 - 50         Residue name   resName2        Residue name. 
52              Character      chainID2        Chain identifier. 
53 - 56         Integer        resSeq2         Residue sequence number. 
57              AChar          iCode2          Insertion code. 
60 - 65         SymOP          sym1            Symmetry operator atom 1. 
67 - 72         SymOP          sym2            Symmetry operator atom 2. 
74 – 78         Real(5.2)      Length          Link distance 
Details  
* The atoms involved in bonds between HET groups or between a HET group and standard residue 
How to fill out pdf forms in reader - extract form data from PDF in C#.net, ASP.NET, MVC, Ajax, WPF
Help to Read and Extract Field Data from PDF with a Convenient C# Solution
how to type into a pdf form in reader; extract data from pdf file
How to fill out pdf forms in reader - VB.NET PDF Form Data Read library: extract form data from PDF in vb.net, ASP.NET, MVC, Ajax, WPF
Convenient VB.NET Solution to Read and Extract Field Data from PDF
save data in pdf form reader; extract data from pdf form
PDB File Format v. 3.2 
Page 178 
are listed. 
* Inter-residue linkages not implied by the primary structure are listed (e.g., reduced peptide bond). 
* Non-standard linkages between residues, e.g., side-chain to side-chain, are listed. 
* Each LINK record specifies one linkage. 
* These records do not specify connectivity within a HET group (see CONECT) or disulfide bridges 
(see SSBOND). 
* sym1 and sym2 are right justified and are given as blank when the identity operator (and no cell 
translation) is to be applied to the atom.  
For NMR entries, only one set (or model) of LINK records will be supplied.  
Coordinate bonds are also listed as LINKs: describe this somewhere in this section 
Verification/Validation/Value Authority Control 
The distance between the pair of atoms listed must be consistent with the bonding. 
Relationships to Other Record Types 
CONECT records are generated from LINKs when both atoms are present in the entry. If symmetry 
operators are given to generate one of the residues involved in the bond, REMARK 290 defines the 
symmetry transformation.  
Example 
1         2         3         4         5         6         7         8 
12345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890 
LINK         O   GLY A  49                NA    NA A6001     1555   1555  2.98   
LINK         OG1 THR A  51                NA    NA A6001     1555   1555  2.72   
LINK         OD2 ASP A  66                NA    NA A6001     1555   1555  2.72   
LINK         NE  ARG A  68                NA    NA A6001     1555   1555  2.93   
LINK         C21 2EG A   7                 C22 2EG B  19     1555
1555
1.56 
C# PDF Form Data fill-in Library: auto fill-in PDF form data in C#
enable users the ability to fill in PDF forms in Visual C# in form field in specified position of adobe PDF file. Able to fill out all PDF form field in C#.NET.
pdf form save in reader; pdf data extraction
VB.NET TIFF: Make Custom Annotations on TIFF Image File in VB.NET
This online guide content is Out Dated! into one image that can be output as a PDF or any color 'set the property of filled shape obj.Fill = New AnnotationBrush
exporting data from pdf to excel; exporting pdf data to excel
PDB File Format v. 3.2 
Page 179 
CISPEP 
Overview 
CISPEP records specify the prolines and other peptides found to be in the cis conformation. Each cis 
peptide is listed on a separate line, with a consecutive numbering sequence. 
Record Format 
COLUMNS       DATA TYPE     FIELD         DEFINITION 
------------------------------------------------------------------------- 
1 -  6       Record name   "CISPEP" 
8 - 10       Integer       serNum        Record serial number. 
12 - 14       LString(3)    pep1          Residue name. 
16            Character     chainID1      Chain identifier. 
18 - 21       Integer       seqNum1       Residue sequence number. 
22            AChar         icode1        Insertion code. 
26 - 28       LString(3)    pep2          Residue name. 
30            Character     chainID2      Chain identifier. 
32 - 35       Integer       seqNum2       Residue sequence number. 
36            AChar         icode2        Insertion code. 
44 - 46       Integer       modNum        Identifies the specific model. 
54 - 59       Real(6.2)     measure       Angle measurement in degrees. 
Details 
* Cis peptides are those with omega angles of 0°±30°. Deviations larger than 30° are listed in 
REMARK 500.  
Verification/Validation/Value Authority Control  
These records are generated automatically.  
Relationships to Other Record Types 
Peptide bonds which deviate significantly from either the cis or trans  conformation are annotated in 
REMARK 500. 
C# PDF: Use C# Code to Add Watermark to PDF Document
This online guide content is Out Dated! Fill.FillType = FillType.Solid; anno.Fill.Solid_Color = new AddAnnotation(anno); doc.Save(@"c:\annotatedSample.pdf");
how to fill out a pdf form with reader; extract data from pdf to excel online
VB.NET Image: How to Draw and Cutomize Text Annotation on Image
document files in VB.NET, including PDF, TIFF & adopt these APIs to work out more advanced As AnnotationBrush, outline As AnnotationPen, fill As AnnotationBrush
how to save filled out pdf form in reader; pdf data extractor
PDB File Format v. 3.2 
Page 180 
Example 
1         2         3         4         5         6         7         8 
12345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890 
CISPEP   1 SER A   58    GLY A   59          0        20.91     
CISPEP   1 GLY A  116    GLY A  117          0        18.50  
CISPEP   1 MET A    1    SER A    2          0        -3.69  
VB.NET Image: Image and Doc Windows, Web & Mobile Viewers of
Image viewers fill a vital part in document image viewing viewer are JPEG, PNG, BMP, GIF, TIFF, PDF, Word and Zoom in and out image for best displaying effect
change font size pdf form reader; how to fill pdf form in reader
C# Image: C#.NET Code to Add Rectangle Annotation to Images &
Add-on successfully stands itself out from other set filled shape style obj.Fill.Solid_Color = Color powerful & profession imaging controls, PDF document,
fill in pdf form reader; how to fill in a pdf form in reader
PDB File Format v. 3.2 
Page 181 
7. Miscellaneous Features Section 
The miscellaneous features section may describe properties in the molecule such as environments 
surrounding a non-standard residue or the assembly of an active site. Other features may be 
described in the remarks section but are not given a specific record type so far. 
SITE 
Overview 
* Site records specify residues comprising catalytic, co-factor, anti-codon, regulatory or other 
essential sites or environments surrounding ligands present in the structure.  
Record Format 
COLUMNS       DATA TYPE     FIELD         DEFINITION 
--------------------------------------------------------------------------------- 
1 -  6       Record name   "SITE  " 
8 - 10       Integer       seqNum        Sequence number. 
12 - 14       LString(3)    siteID        Site name. 
16 - 17       Integer       numRes        Number of residues that compose the site. 
19 - 21       Residue name  resName1      Residue name for first residue that  
creates the site. 
23            Character     chainID1      Chain identifier for first residue of site. 
24 - 27       Integer       seq1          Residue sequence number for first residue 
of the site. 
28            AChar         iCode1        Insertion code for first residue of the  
site. 
30 - 32       Residue name  resName2      Residue name for second residue that  
creates the site. 
34            Character     chainID2      Chain identifier for second residue of 
the site. 
35 - 38       Integer       seq2          Residue sequence number for second 
residue of the site. 
39            AChar         iCode2        Insertion code for second residue 
of the site. 
41 - 43       Residue name  resName3      Residue name for third residue that  
VB.NET TIFF: How to Draw Picture & Write Text on TIFF Document in
This online guide content is Out Dated! drawing.Font.Size = 6 drawing.Fill = new DrawingBrush provide powerful & profession imaging controls, PDF document, tiff
pdf form data extraction; extract pdf form data to excel
.NET PDF Document Viewing, Annotation, Conversion & Processing
Form Process. Fill in form data programmatically. Online Demo See the PDF SDK for .NET in action and check how much they can do for you. Check out the prices.
how to flatten a pdf form in reader; extract data from pdf file
PDB File Format v. 3.2 
Page 182 
creates the site. 
45            Character     chainID3      Chain identifier for third residue 
of the site. 
46 - 49       Integer       seq3          Residue sequence number for third 
residue of the site. 
50            AChar         iCode3        Insertion code for third residue 
of the site. 
52 - 54       Residue name  resName4      Residue name for fourth residue that  
creates the site. 
56            Character     chainID4      Chain identifier for fourth residue 
of the site. 
57 - 60       Integer       seq4          Residue sequence number for fourth 
residue of the site. 
61            AChar         iCode4        Insertion code for fourth residue 
of the site. 
Details  
* The sequence number (columns 8 - 10) is reset to 1 for each new site.  
* SITE identifiers (columns 12 - 14) should be fully explained in remark 800.  
* If a site is composed of more than four residues, these may be specified on additional records 
bearing the same site identifier. 
* SITE records can include HET groups.  
Verification/Validation/Value Authority Control  
Every SITE must have a corresponding description in remark 800. The numbering of sequential SITE 
records and format of each one is verified, as well as the existence of each residue in the ATOM 
records.  
Relationships to Other Record Types 
Each listed SITE needs a corresponding REMARK 800 that details its significance. 
Example 
1         2         3         4         5         6         7         8 
12345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890 
SITE     1 AC1  3 HIS A  94  HIS A  96  HIS A 119                                
SITE     1 AC2  5 ASN A  62  GLY A  63  HIS A  64  HOH A 328                     
SITE     2 AC2  5 HOH A 634                                                      
SITE     1 AC3  5 GLN A 136  GLN A 137  PRO A 138  GLU A 205                     
VB.NET TIFF: TIFF Imaging SDK, Insert & Add New TIFF Page Using VB
File Page. "This online guide content is Out Dated blank TIFF page, you need to fill this TIFF provide powerful & profession imaging controls, PDF document, tiff
extracting data from pdf files; exporting data from pdf to excel
VB.NET PDF File & Page Process Library SDK for vb.net, ASP.NET
Moreover, when you get a PDF document which is out of order PDFDocument instance contains all documentation features and information that forms a PDF document
vb extract data from pdf; saving pdf forms in acrobat reader
PDB File Format v. 3.2 
Page 183 
SITE     2 AC3  5 CYS A 206                                                      
SITE     1 AC4 11 HIS A  64  HIS A  94  HIS A  96  HIS A 119                     
SITE     2 AC4 11 LEU A 198  THR A 199  THR A 200  TRP A 209                     
SITE     3 AC4 11 HOH A 572  HOH A 582  HOH A 635            
PDB File Format v. 3.2 
Page 184 
8. Crystallographic and Coordinate Transformation Section 
This section describes the geometry of the crystallographic experiment and the coordinate system 
transformations.    
CRYST1 
Overview 
The CRYST1 record presents the unit cell parameters, space group, and Z value. If the structure was 
not determined by crystallographic means, CRYST1 simply provides the unitary values, with an 
appropriate REMARK.  
Record Format 
COLUMNS       DATA TYPE     FIELD          DEFINITION 
------------------------------------------------------------- 
1 -  6       Record name   "CRYST1" 
7 - 15       Real(9.3)     a              a (Angstroms). 
16 - 24       Real(9.3)     b              b (Angstroms). 
25 - 33       Real(9.3)     c              c (Angstroms). 
34 - 40       Real(7.2)     alpha          alpha (degrees). 
41 - 47       Real(7.2)     beta           beta (degrees). 
48 - 54       Real(7.2)     gamma          gamma (degrees). 
56 - 66       LString       sGroup         Space group. 
67 - 70       Integer       z              Z value. 
Details  
* If the entry describes a structure determined by a technique other than X-ray crystallography, 
CRYST1 contains a = b = c = 1.0, alpha = beta = gamma = 90 degrees, space group = P 1, and Z = 
1. 
* The Hermann-Mauguin space group symbol is given without parenthesis, e.g., P 43 21 2. Please 
note that the screw axis is described as a two digit number.  
* The full International T
able’s 
Hermann-Mauguin symbol is used, e.g., P 1 21 1 instead of P 21.  
* For a rhombohedral space group in the hexagonal setting, the lattice type symbol used is H.  
PDB File Format v. 3.2 
Page 185 
* The Z value is the number of polymeric chains in a unit cell. In the case of heteropolymers, Z is the 
number of occurrences of the most populous chain.  
As an example, given two chains A and B, each with a different sequence, and the space group P 2 
that has two equipoints in the standard unit cell, the following table gives the correct Z value. 
Asymmetric Unit Content   
Z value 
-------------------------------------------------------------------------------- 
-------------------------------------------------------------------------------- 
A                               
2 
AA                             
4 
AB                             
2 
AAB                            
4 
AABB                           
4 
* In the case of a polycrystalline fiber diffraction study, CRYST1 and SCALE contain the normal unit 
cell data.  
Verification/Validation/Value Authority Control  
The given space group and Z values are checked during processing for correctness and internal 
consistency. The calculated SCALE factor is compared to that supplied by the depositor. Packing is 
also computed, and close contacts of symmetry-related molecules are diagnosed.  
Relationships to Other Record Types 
The unit cell parameters are used to calculate SCALE. If the EXPDTA record is NMR, Electron 
microscopy, or Fiber Diffraction, the CRYST1 record is predefined as in the last example (see below). 
In these cases, an explanatory REMARK must also appear in the entry. Some fiber diffraction 
structures will be done this way, while others will have a CRYST1 record containing measured 
values. 
Examples  
1         2         3         4         5         6         7         8 
12345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890 
CRYST1   52.000   58.600   61.900  90.00  90.00  90.00 P 21 21 21    8  
CRYST1   42.544   69.085   50.950  90.00  95.55  90.00 P 1 21 1      2 
Example of experimental method other than X-ray crystallography or fiber diffraction 
CRYST1    1.000    1.000    1.000  90.00  90.00  90.00 P 1           1  
Known Problems 
No standard deviations are given. 
PDB File Format v. 3.2 
Page 186 
ORIGXn 
Overview 
The ORIGXn (n = 1, 2, or 3) records present the transformation from the orthogonal coordinates 
contained in the entry to the submitted coordinates. 
Record Format 
COLUMNS        DATA TYPE     FIELD         DEFINITION 
---------------------------------------------------------------- 
1 -  6        Record name   "ORIGXn"      n=1, 2, or 3 
11 - 20        Real(10.6)    o[n][1]       On1 
21 - 30        Real(10.6)    o[n][2]       On2 
31 - 40        Real(10.6)    o[n][3]       On3 
46 - 55        Real(10.5)    t[n]          Tn 
Details 
* This information is included in the file even if the transformation is an identity transformation (unitary 
matrix, null translation vector). See the SCALE section of this document for a definition of the default 
orthogonal Angstroms system.  
* If the original submitted coordinates are Xsub, Ysub, Zsub and the orthogonal Angstroms 
coordinates contained in the data entry are X, Y, Z, then:  
Xsub = O11X + O12Y + O13Z + T1 
Ysub = O21X + O22Y + O23Z + T2 
Zsub = O31X + O32Y + O33Z + T3 
Verification/Validation/Value Authority Control 
If the coordinates are submitted in the same orthogonal Angstrom coordinate frame as they appear in 
the entry (the usual case), then ORIGX is an identity matrix with a null translation vector.  
If the transformation is not an identity matrix with a null translation vector, then applying this 
transformation to the coordinates in the entry yields the coordinates of the original deposited file.  
Relationships to Other Record Types  
ORIGX relates the coordinates in the ATOM and HETATM records to the coordinates in the file.  
Example  
Documents you may be interested
Documents you may be interested