c# convert pdf to image open source : Extract pdf form data to xml application Library tool html asp.net .net online Format20-part424

PDB File Format v. 3.2 
Page 197 
ANISOU 
Overview 
The ANISOU records present the anisotropic temperature factors. 
Record Format 
COLUMNS       DATA TYPE     FIELD          DEFINITION 
----------------------------------------------------------------- 
1 - 6        Record name   "ANISOU" 
7 - 11       Integer       serial         Atom serial number. 
13 - 16       Atom          name           Atom name. 
17            Character     altLoc         Alternate location indicator 
18 - 20       Residue name  resName        Residue name. 
22            Character     chainID        Chain identifier. 
23 - 26       Integer       resSeq         Residue sequence number. 
27            AChar         iCode          Insertion code. 
29 - 35       Integer       u[0][0]        U(1,1) 
36 - 42       Integer       u[1][1]        U(2,2) 
43 - 49       Integer       u[2][2]        U(3,3) 
50 - 56       Integer       u[0][1]        U(1,2) 
57 - 63       Integer       u[0][2]        U(1,3) 
64 - 70       Integer       u[1][2]        U(2,3) 
77 - 78       LString(2)    element        Element symbol, right-justified. 
79 - 80       LString(2)    charge         Charge on the atom. 
Details 
* Columns 7 - 27 and 73 - 80 are identical to the corresponding ATOM/HETATM record. 
* The anisotropic temperature factors (columns 29 - 70) are scaled by a factor of 10**4 
Extract pdf form data to xml - extract form data from PDF in C#.net, ASP.NET, MVC, Ajax, WPF
Help to Read and Extract Field Data from PDF with a Convenient C# Solution
extract data from pdf to excel; extract data from pdf form
Extract pdf form data to xml - VB.NET PDF Form Data Read library: extract form data from PDF in vb.net, ASP.NET, MVC, Ajax, WPF
Convenient VB.NET Solution to Read and Extract Field Data from PDF
c# read pdf form fields; using pdf forms to collect data
PDB File Format v. 3.2 
Page 198 
(Angstroms**2) and are presented as integers.  
* The anisotropic temperature factors are stored in the same coordinate frame as the atomic 
coordinate records.  
* ANISOU values are listed only if they have been provided by the depositor.  
Verification/Validation/Value Authority Control  
The depositor provides ANISOU records, and the wwPDB verifies their format.  
Relationships to Other Record Types  
The anisotropic temperature factors are related to the corresponding ATOM/HETATM isotropic 
temperature factors as ,B(eq), as described in the ATOM and HETATM sections.  
Example 
1         2         3         4         5         6         7         8 
12345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890 
ATOM    107  N   GLY A  13      12.681  37.302 -25.211 1.000 15.56           N 
ANISOU  107  N   GLY A  13     2406   1892   1614    198    519   -328       N 
ATOM    108  CA  GLY A  13      11.982  37.996 -26.241 1.000 16.92           C 
ANISOU  108  CA  GLY A  13     2748   2004   1679    -21    155   -419       C 
ATOM    109  C   GLY A  13      11.678  39.447 -26.008 1.000 15.73           C 
ANISOU  109  C   GLY A  13     2555   1955   1468     87    357   -109       C 
ATOM    110  O   GLY A  13      11.444  40.201 -26.971 1.000 20.93           O 
ANISOU  110  O   GLY A  13     3837   2505   1611    164   -121    189       O 
ATOM    111  N   ASN A  14      11.608  39.863 -24.755 1.000 13.68           N 
ANISOU  111  N   ASN A  14     2059   1674   1462     27    244    -96       N 
Relationships to Other Record Types  
The standard deviations for the anisotropic temperature factors are related to the corresponding 
ATOM/ HETATM ANISOU temperature factors. 
Example 
1         2         3         4         5         6         7         8 
12345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890 
ATOM    107  N   GLY A  13      12.681  37.302 -25.211 1.000 15.56           N 
ANISOU  107  N   GLY A  13     2406   1892   1614    198    519   -328       N 
SIGUIJ  107  N   GLY A  13       10     10     10     10    10      10       N 
ATOM    108  CA  GLY A  13      11.982  37.996 -26.241 1.000 16.92           C 
ANISOU  108  CA  GLY A  13     2748   2004   1679    -21    155   -419       C 
SIGUIJ  108  CA  GLY A  13       10     10     10     10    10      10       C 
ATOM    109  C   GLY A  13      11.678  39.447 -26.008 1.000 15.73           C 
ANISOU  109  C   GLY A  13     2555   1955   1468     87    357   -109       C 
SIGUIJ  109  C   GLY A  13       10     10     10     10    10      10       C 
C# PDF Convert to SVG SDK: Convert PDF to SVG files in C#.net, ASP
to convert PDF document into SVG image format. Here is a brief introduction to SVG image. SVG, short for scalable vector graphics, is a XML-based file format
extract data from pdf file; how to fill in a pdf form in reader
C# Word - MailMerge Processing in C#.NET
DOCXDocument document = DOCXDocument.Open(); //Create data from xml file DataSet ds = new DataSet(); ds.ReadXml(xmlFilePath); DataTable dt = ds.Tables[0]; int
how to save a filled out pdf form in reader; how to flatten a pdf form in reader
PDB File Format v. 3.2 
Page 199 
ATOM    110  O   GLY A  13      11.444  40.201 -26.971 1.000 20.93           O 
ANISOU  110  O   GLY A  13     3837   2505   1611    164   -121    189       O 
SIGUIJ  110  O   GLY A  13       10     10     10     10    10      10       O 
ATOM    111  N   ASN A  14      11.608  39.863 -24.755 1.000 13.68           N 
ANISOU  111  N   ASN A  14     2059   1674   1462     27    244    -96       N 
SIGUIJ  111  N   ASN A  14       10     10     10     10    10      10       N 
 
VB.NET Image: VB Tutorial to View Document Online with Imaging Web
files, including png, jpeg, gif, tiff, bmp, PDF, Microsoft Word from your MS Visual Studio and drop to your form; will demonstrate how to use a data-bound drop
how to fill out a pdf form with reader; export pdf form data to excel
C# Image: Tutorial for Document Viewing & Displaying in ASP.NET
list's designer and change the Data Source to HTML buttons, btnFitToWidth and btnViewFullSize to your form; & profession imaging controls, PDF document, tiff
extract data from pdf to excel online; filling out pdf forms with reader
PDB File Format v. 3.2 
Page 200 
TER 
Overview 
The TER record indicates the end of a list of ATOM/HETATM records for a chain. 
Record Format 
COLUMNS        DATA TYPE     FIELD           DEFINITION 
------------------------------------------------------------------------- 
1 -  6        Record name   "TER   " 
7 - 11        Integer       serial          Serial number. 
18 - 20        Residue name  resName         Residue name. 
22             Character     chainID         Chain identifier. 
23 - 26        Integer       resSeq          Residue sequence number. 
27             AChar         iCode           Insertion code. 
Details 
* Every chain of ATOM/HETATM records presented on SEQRES records is terminated with a TER 
record. 
* The TER records occur in the coordinate section of the entry, and indicate the last residue 
presented for each polypeptide and/or nucleic acid chain for which there are determined coordinates. 
For proteins, the residue defined on the TER record is the carboxy-terminal residue; for nucleic acids 
it is the 3'-terminal residue.  
* For a cyclic molecule, the choice of termini is arbitrary.  
* Terminal oxygen atoms are presented as OXT for proteins, and as O5
or OP3 for nucleic acids. 
These atoms are present only if the last residue in the polymer is truly the last residue in the 
SEQRES. 
* The TER record has the same residue name, chain identifier, sequence number and insertion code 
as the terminal residue. The serial number of the TER record is one number greater than the serial 
number of the ATOM/HETATM preceding the TER. 
Verification/Validation/Value Authority Control 
TER must appear at the terminal carboxyl end or 3' end of a chain. For proteins, there is usually a 
terminal oxygen, labeled OXT. The validation program checks for the occurrence of TER and OXT 
records.  
C# Image: Tutorial for Collaborating, Marking & Annotating
To save drawn annotations separately from image data as XML a server button) onto your form and name powerful & profession imaging controls, PDF document, image
extract data from pdf; fill in pdf form reader
XDoc.HTML5 Viewer for .NET, All Mature Features Introductions
to search text-based documents, like PDF, Microsoft Office separately from original document as xml files. freehand signature, text signature and data signature
extract data from pdf form fields; online form pdf output
PDB File Format v. 3.2 
Page 201 
Relationships to Other Record Types  
The residue name appearing on the TER record must be the same as the residue name of the 
immediately preceding ATOM or non-water HETATM record.  
Example 
1         2         3         4         5         6         7         8 
12345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890 
ATOM    601  N   LEU A  75     -17.070 -16.002   2.409  1.00 55.63           N   
ATOM    602  CA  LEU A  75     -16.343 -16.746   3.444  1.00 55.50           C   
ATOM    603  C   LEU A  75     -16.499 -18.263   3.300  1.00 55.55           C   
ATOM    604  O   LEU A  75     -16.645 -18.789   2.195  1.00 55.50           O   
ATOM    605  CB  LEU A  75     -16.776 -16.283   4.844  1.00 55.51           C   
TER     606      LEU A  75    
…  
ATOM   1185  O   LEU B  75      26.292  -4.310  16.940  1.00 55.45           O   
ATOM   1186  CB  LEU B  75      23.881  -1.551  16.797  1.00 55.32           C   
TER    1187      LEU B  75                                                       
HETATM 1188  H2  SRT A1076     -17.263  11.260  28.634  1.00 59.62           H   
HETATM 1189  HA  SRT A1076     -19.347  11.519  28.341  1.00 59.42           H   
HETATM 1190  H3  SRT A1076     -17.157  14.303  28.677  1.00 58.00           H   
HETATM 1191  HB  SRT A1076     -15.110  13.610  28.816  1.00 57.77           H   
HETATM 1192  O1  SRT A1076     -17.028  11.281  31.131  1.00 62.63           O   
ATOM    295  HB2 ALA A  18       4.601  -9.393   7.275  1.00  0.00           H   
ATOM    296  HB3 ALA A  18       3.340  -9.147   6.043  1.00  0.00           H   
TER     297      ALA A  18                                                       
ENDMDL                                                                           
VB.NET Excel: Use VB.NET Code to Convert Excel Doc to SVG Vector
short for Scalable Vector Graphics) is an XML-based vector of stream which contains the image data of the For instance, you can convert Excel to PDF and render
extracting data from pdf into excel; how to make pdf editable form reader
DocImage SDK for .NET: Document Imaging Features
types, including EXIF tags, IIM(IPTC), XMP data, and TIFF users to add metadata in the form of EXIF TIFF Type 6 (OJPEG) encoding Image only PDF encoding support.
make pdf form editable in reader; export excel to pdf form
PDB File Format v. 3.2 
Page 202 
HETATM 
Overview 
Non-polymer 
or other “non
-
standard” 
chemical coordinates, such as water molecules or atoms 
presented in HET groups use the HETATM record type. They also present the occupancy and 
temperature factor for each atom. The ATOM records present the atomic coordinates for standard 
residues. The element symbol is always present on each HETATM record; charge is optional.  
Changes in ATOM/HETATM records will require standardization in atom and residue nomenclature.  
This nomenclature is described in the Chemical Component Dictionary, 
ftp://ftp.wwpdb.org/pub/pdb/data/monomers
Record Format 
COLUMNS       DATA TYPE      FIELD         DEFINITION 
----------------------------------------------------------------------- 
1 - 6        Record name    "HETATM" 
7 - 11       Integer        serial        Atom serial number. 
13 - 16       Atom           name          Atom name. 
17            Character      altLoc        Alternate location indicator. 
18 - 20       Residue name   resName       Residue name. 
22            Character      chainID       Chain identifier. 
23 - 26       Integer        resSeq        Residue sequence number. 
27            AChar          iCode         Code for insertion of residues. 
31 - 38       Real(8.3)      x             Orthogonal coordinates for X. 
39 - 46       Real(8.3)      y             Orthogonal coordinates for Y. 
47 - 54       Real(8.3)      z             Orthogonal coordinates for Z. 
55 - 60       Real(6.2)      occupancy     Occupancy. 
61 - 66       Real(6.2)      tempFactor    Temperature factor. 
77 - 78       LString(2)     element       Element symbol; right-justified. 
79 - 80       LString(2)     charge        Charge on the atom. 
PDB File Format v. 3.2 
Page 203 
Details 
* The x, y, z coordinates are in Angstrom units.  
* No ordering is specified for polysaccharides.  
* See the HET section of this document regarding naming of heterogens. See the Chemical 
Component Dictionary for residue names, formulas, and topology of the HET groups that have 
appeared so far in the PDB (see ftp://ftp.wwpdb.org/pub/pdb/data/monomers
). 
* If the depositor provides the data, then the isotropic B value is given for the temperature factor. 
* If there are neither isotropic B values provided by the depositor, nor anisotropic temperature factors 
in ANISOU, then the default value of 0.0 is used for the temperature factor. 
* Insertion codes and element naming are fully described in the ATOM section of this document. 
Verification/Validation/Value Authority Control 
Processing programs check ATOM/HETATM records for PDB file format, sequence information, and 
packing.  
Relationships to Other Record Types 
HETATM records must have corresponding HET, HETNAM, FORMUL and CONECT records, except 
for waters.  
Example 
1         2         3         4         5         6         7         8 
12345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890 
HETATM 8237 MG    MG A1001      13.872  -2.555 -29.045  1.00 27.36          MG   
HETATM 3835 FE   HEM A   1      17.140   3.115  15.066  1.00 14.14          FE 
HETATM 8238  S   SO4 A2001      10.885 -15.746 -14.404  1.00 47.84           S   
HETATM 8239  O1  SO4 A2001      11.191 -14.833 -15.531  1.00 50.12           O   
HETATM 8240  O2  SO4 A2001       9.576 -16.338 -14.706  1.00 48.55           O   
HETATM 8241  O3  SO4 A2001      11.995 -16.703 -14.431  1.00 49.88           O   
HETATM 8242  O4  SO4 A2001      10.932 -15.073 -13.100  1.00 49.91           O   
PDB File Format v. 3.2 
Page 204 
ENDMDL 
Overview 
The ENDMDL records are paired with MODEL records to group individual structures found in a 
coordinate entry.  
Record Format 
COLUMNS        DATA TYPE     FIELD        DEFINITION 
------------------------------------------------------------------ 
1 - 6         Record name   "ENDMDL" 
Details 
* MODEL/ENDMDL records are used only when more than one structure is presented in the entry, as 
is often the case with NMR entries.  
* All the models in a multi-model entry must represent the same structure.  
* Every MODEL record has an associated ENDMDL record.  
Verification/Validation/Value Authority Control  
Entries with multiple structures in the EXPDTA record are checked for corresponding pairs of 
MODEL/ ENDMDL records, and for consecutively numbered models.  
Relationships to Other Record Types 
There must be a corresponding MODEL record.  
In the case of an NMR entry, the EXPDTA record states the number of model structures that are 
present in the individual entry.  
Example 
1         2         3         4         5         6         7         8 
12345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890 
... 
... 
ATOM  14550 1HG  GLU   122     -14.364  14.787 -14.258  1.00  0.00           H 
ATOM  14551 2HG  GLU   122     -13.794  13.738 -12.961  1.00  0.00           H 
TER   14552      GLU   122                                              
ENDMDL                                                                  
MODEL        9                                                          
ATOM  14553  N   SER     1     -28.280   1.567  12.004  1.00  0.00           N 
ATOM  14554  CA  SER     1     -27.749   0.392  11.256  1.00  0.00           C 
... 
PDB File Format v. 3.2 
Page 205 
... 
ATOM  16369 1HG  GLU   122      -3.757  18.546  -8.439  1.00  0.00           H 
ATOM  16370 2HG  GLU   122      -3.066  17.166  -7.584  1.00  0.00           H 
TER   16371      GLU   122                                              
ENDMDL                                                                  
10. Connectivity Section 
This section provides information on atomic connectivity. LINK, SSBOND, and CISPEP are found in 
the Connectivity Annotation section. 
CONECT 
Overview 
The CONECT records specify connectivity between atoms for which coordinates are supplied. The 
connectivity is described using the atom serial number as shown in the entry. CONECT records are 
mandatory for HET groups (excluding water) and for other bonds not specified in the standard residue 
connectivity table. These records are generated automatically.  
Record Format 
COLUMNS       DATA TYPE      FIELD        DEFINITION 
------------------------------------------------------------------------- 
1 -  6       Record name    "CONECT" 
7 - 11       Integer        serial       Atom serial number 
12 - 16       Integer        serial       Serial number of bonded atom 
17 - 21       Integer        serial       Serial number of bonded atom 
22 - 26       Integer        serial       Serial number of bonded atom 
27 - 31       Integer        serial       Serial number of bonded atom 
Details 
* CONECT records are present for:  
Intra-residue connectivity within non-standard (HET) residues (excluding water). 
Inter-residue connectivity of HET groups to standard groups (including water) or to other HET 
groups.  
Disulfide bridges specified in the SSBOND records have corresponding records. 
* No differentiation is made between atoms with delocalized charges (excess negative or positive 
PDB File Format v. 3.2 
Page 206 
charge).  
* Atoms specified in the CONECT records have the same numbers as given in the coordinate section.  
* All atoms connected to the atom with serial number in columns 7 - 11 are listed in the remaining 
fields of the record.  
* If more than four fields are required for non-hydrogen and non-salt bridges, a second CONECT 
record with the same atom serial number in columns 7 - 11 will be used.  
* These CONECT records occur in increasing order of the atom serial numbers they carry in columns 
7 - 11. The target-atom serial numbers carried on these records also occur in increasing order.  
* The connectivity list given here is redundant in that each bond indicated is given twice, once with 
each of the two atoms involved specified in columns 7 - 11.  
* For hydrogen bonds, when the hydrogen atom is present in the coordinates, a CONECT record 
between the hydrogen atom and its acceptor atom is generated. 
* For NMR entries, CONECT records for one model are generated describing heterogen connectivity 
and others for LINK records assuming that all models are homogeneous models. 
Verification/Validation/Value Authority Control  
Connectivity is checked for unusual bond lengths.  
Relationships to Other Record Types  
CONECT records must be present in an entry that contains either non-standard groups or disulfide 
bonds.  
Example 
1         2         3         4         5         6         7         8 
12345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890 
CONECT 1179  746 1184 1195 1203                     
CONECT 1179 1211 1222                               
CONECT 1021  544 1017 1020 1022 1211 1222      1311 
Known Problems 
CONECT records involving atoms for which the coordinates are not present in the entry (e.g., 
symmetry-generated) are not given. 
CONECT records involving atoms for which the coordinates are missing due to disorder, are also not 
provided. 
Documents you may be interested
Documents you may be interested