Structure Drawing Tools 
71 
Chain Tool 
Use the Chain Tool to draw zigzag chains with the current atom and bond type. The 
default chain length is 1. Type the length you want into the Chain Length dialog or 
use the scroll bars to select the length. Chains are drawn from left to right (or in an 
otherwise chemically logical direction) from the arrowhead on the chain cursor. 
Shortcuts 
Click right on the Chain Tool to select the default chain length. 
Eraser Tool 
Use the Eraser Tool to delete an atom or bond. 
To delete a node, click the Eraser Tool, place your cursor on the node that you want 
to delete, and click.  The node and all bonds attached to it are removed. 
To delete a bond, click the Eraser Tool, place your cursor on the bond that you want 
to delete and click.   
If Delete Atoms with Bonds is checked in the Drawing tab of Structure Preferences, 
the atoms at either end of a bond will be deleted when a bond is deleted, assuming 
there are no other attachment to the atoms. 
Use the Selection Tool and Cut from the Edit menu for multiple deletions. 
Selection Tool 
The Selection Tool is used to select atoms or bonds for subsequent operations. Point 
to the atom or the middle of the bond and click. 
To deselect an atom or bond, click on an empty space in the drawing window.   
Hold the shift key down to make multiple selections; alternatively click, hold, and 
drag to draw a rectangle around a fragment to select all atoms and bonds within that 
rectangle. 
Pdf metadata online - add, remove, update PDF metadata in C#.net, ASP.NET, MVC, Ajax, WinForms, WPF
Allow C# Developers to Read, Add, Edit, Update and Delete PDF Metadata
remove pdf metadata; adding metadata to pdf
Pdf metadata online - VB.NET PDF metadata library: add, remove, update PDF metadata in vb.net, ASP.NET, MVC, Ajax, WinForms, WPF
Enable VB.NET Users to Read, Write, Edit, Delete and Update PDF Document Metadata
pdf keywords metadata; pdf metadata viewer
72 
Lasso Tool 
Use the Lasso Tool to select and move part of a structure: 
1.  Click, hold, and drag the lasso around the fragment that you want to move. 
2.  Move the lasso cursor into the lassoed area so that it changes to a hand cursor. 
3.  Click, hold, and drag the fragment to a new position. 
An individual atom or shortcut can also be moved: 
1.  Position the lasso so that the bottom of the "knot" on the cursor is close to the 
atom you want to move. The lasso will change and display an "A" inside it. 
2.  Click and the lasso changes to a hand, and the node is enclosed by a box (if the 
hand does not appear move the lasso into the box). 
3.  Click, hold, and drag the atom to a new position. 
Text Tool 
Use the Text Tool to add on-screen text and labels. Text is not searchable. 
Text font can be changed via the Colors/Fonts tab of Preferences. The change is 
global and the setting for the text will be applied to all the text in the Structure 
Drawing window. 
Shortcuts 
Click right to change the color and font. 
Reaction Arrow 
Use the Reaction Arrow tool to draw a variety of reaction arrows. Click on the button 
alongside the arrow that you want to use followed by OK. 
Arrows are drawn, from the tail to the arrowhead, by clicking, holding, and dragging 
the cursor. Reaction roles are automatically assigned to fragments when an arrow 
has been drawn. If reaction roles are not assigned, erase and redraw the arrow in 
closer proximity to the fragments. 
Shortcuts 
Click right on the Reaction Arrow to select the default arrow. 
Note: Reaction tools are disabled for normal drawing modes. Select the Rxn Tool 
from the toolbar or choose Show Reactions from the Display Menu. 
VB.NET PDF- View PDF Online with VB.NET HTML5 PDF Viewer
C#.NET edit PDF bookmark, C#.NET edit PDF metadata, C#.NET C#.NET read barcodes from PDF, C#.NET OCR scan PDF. C# ASP.NET Document Viewer, C# Online Dicom Viewer
pdf xmp metadata; pdf xmp metadata viewer
VB.NET PDF - Create PDF Online with VB.NET HTML5 PDF Viewer
C#.NET edit PDF bookmark, C#.NET edit PDF metadata, C#.NET C#.NET read barcodes from PDF, C#.NET OCR scan PDF. C# ASP.NET Document Viewer, C# Online Dicom Viewer
remove metadata from pdf acrobat; batch update pdf metadata
Structure Drawing Tools 
73 
Reaction Role Tool 
The Reaction Role tool can be used to modify reaction roles that are automatically 
assigned when in reaction drawing mode. Point to a atom in the fragment whose role 
you want to change, using the arrow cursor and click. Select the role you want to use 
from the Role Specification Selection dialog. 
Note: Reaction tools are disabled for normal drawing modes. Select the Rxn Tool 
from the toolbar or choose Show Reactions from the Display Menu. 
Reaction Site Tool 
Reaction Sites can be specified on bonds. Using the star cursor, point to each bond 
in turn that you want to assign a reaction site label to and click. The options are: 
CC - this bond is completely changed, that is either formed or broken. 
PC - this bond is partially changed, that is the bond value changes, for example an 
exact bond becomes normalized. 
XC - the bond may be either completely or partially changed. 
NC - the bond is unchanged. 
NON - no reaction site specification is declared. 
Note: Reaction tools are disabled for normal drawing modes. Select the Rxn Tool 
from the toolbar or choose Show Reactions from the Display Menu. 
Atom Mapping Tool 
The Atom Mapping tool is used to specify a correspondence between atoms in the 
reactant and atoms in the product. 
To use this tool: 
1. Click the Atom Mapping tool from the Vertical Tool Palette. 
2.  In the dialog box, select either the Manual Mapping or the Automatic Mapping 
option to get a message telling you how to use the selected option. 
Manual Mapping - Using the cross cursor, point to an atom in the reactant and click 
and then point to the corresponding atom in the product. The atoms will be assigned 
a mapping number 1. Repeat for subsequent pairs of reactant and product atoms. 
Automatic Mapping - This option causes the fragments to be automatically mapped 
where possible. 
To delete mappings, use the Eraser Tool or the Delete Mappings command from 
the Edit Menu. 
Reactant atoms can only be mapped onto product atoms (and vice-versa), and two 
different atoms cannot be mapped. 
C# HTML5 PDF Viewer SDK to create PDF document from other file
C#.NET edit PDF bookmark, C#.NET edit PDF metadata, C#.NET C#.NET read barcodes from PDF, C#.NET OCR scan PDF. C# ASP.NET Document Viewer, C# Online Dicom Viewer
change pdf metadata creation date; modify pdf metadata
VB.NET PDF Library SDK to view, edit, convert, process PDF file
PDF Metadata Edit. Offer professional PDF document metadata editing APIs, using which VB.NET developers can redact, delete, view and save PDF metadata.
adding metadata to pdf files; clean pdf metadata
74 
Functional Group Tool 
This tool allows functional groups to be used to build a reaction search query.   
A New window must be started when enabling the FG tool on the Toolbar. Functional 
Group queries cannot contain any other drawn structural fragments. 
Note: Functional Group tools are disabled for normal drawing modes. Select the FG 
Tool from the toolbar. Reaction tools will also be enabled and disabled accordingly. 
Shortcuts 
Click right on a Functional Group in the drawing area to obtain detailed information 
about the CAS definition of the group. 
OR Tool for Functional Groups 
This tool allows functional groups to be linked with an OR operator for searching. 
Brackets are drawn from upper left to lower right by clicking, holding, and dragging 
the cursor. 
Note: Functional Group tools are disabled for normal drawing modes. Select the FG 
Tool from the toolbar. Reaction tools will also be enabled and disabled accordingly. 
Horizontal Tool Palette 
Horizontal Tool Palette Content 
The Horizontal Tool Palette of the Structure Drawing window contains: 
•
The Current Atom Box 
•
The Common Atoms Palette 
•
The Current Bond Box 
•
The Common Bonds Palette 
Current Atom Box 
The Current Atom Box in the Horizontal Tool Palette of the Structure Drawing 
window displays the current atom. 
The default atom is C. Click left on the Current Atom Box to select a different atom, 
shortcut, or variable via the Atom Selection preference setting defined in 
Preferences/Drawing. Click right on the Current Atom Box to get the List box 
selection method. 
A click in this box resets the drawing tool to the Pencil tool. 
VB.NET PDF Image Extract Library: Select, copy, paste PDF images
zonal information, metadata, and so on. Extract image from PDF free in .NET framework application with trial SDK components for .NET. Online source codes for
pdf metadata extract; adding metadata to pdf
C# HTML5 PDF Viewer SDK to view, annotate, create and convert PDF
C#.NET users and developers can view PDF online with convenient manipulation, add varieties of annotations to PDF freely online, create PDF document from
embed metadata in pdf; remove pdf metadata
Structure Drawing Tools 
75 
Common Atoms Palette 
The Common Atoms Palette in the Horizontal Tool Palette of the Structure Drawing 
window displays some common atoms. 
A single click on the symbol of an atom will select it for single use. A double click will 
select the atom for multiple use. 
Atoms, shortcuts, and variables can be selected by clicking on the Current Atom Box 
. See the Drawing tab of Structure Preferences to set the Atom Selection style. 
Atoms, Shortcuts, and Variables can also be selected from the appropriate dialogs in 
the Draw menu. 
The default atom is Carbon for using the Pencil Tool for drawing structures. 
Click the Reset Atom/Bond button to return to the atom and bond defaults: C for 
carbon atom and a single bond. 
Current Bond Box 
The Current Bond Box displays the current bond. The default bond is single. A 
different bond can be selected by clicking on the Current Bond Box. Click on the 
button next to the bond you want to use followed by Single Use or Multiple Use. 
This bond now becomes the current bond. 
A click in this box resets the drawing tool to the Pencil tool. 
VB.NET PDF File Compress Library: Compress reduce PDF size in vb.
Document and metadata. All object data. File attachment. Flatten visible layers. VB.NET Demo Code to Optimize An Exist PDF File in Visual C#.NET Project.
pdf remove metadata; edit multiple pdf metadata
C# HTML5 PDF Viewer SDK to view PDF document online in C#.NET
Create PDF Online. Convert PDF Online. WPF PDF Viewer. View Image to PDF. Image: Remove Image from PDF Page. Edit URL. Bookmark: Edit Bookmark. Metadata: Edit, Delete
batch edit pdf metadata; pdf keywords metadata
76 
Common Bonds Palette 
The Common Bonds palette in the Horizontal Tool Palette of the Structure Drawing 
window displays some common bonds. 
A single click on a bond will select it for single use. A double click will select the 
bond for multiple use. 
Other different Bond types can be selected by clicking on the Current Bond Box or by 
selecting Bond from the Draw menu. 
To join two atoms by a single bond, use the Pencil Tool and click on an existing atom 
and then hold, drag, and release the mouse button 
Modify an existing bond by selecting the bond that you want to use from the bond 
selection dialog and then point to the existing bond and click. Notice that the Pencil 
Cursor changes to display a "--" when pointing to an existing bond. You can modify 
several bonds by selecting the bond(s) you want to change (using the Selection 
Tool) before picking the new bond type. 
Bonds of fixed length can be drawn by checking Snap Bonds in the Drawing tab of 
Structure Preferences and setting a value for Bond Length (e.g., 10 mm). Bonds are 
then automatically drawn to the nearest compass position so that "almost horizontal" 
bonds are drawn horizontally. This makes it easier to produce regular diagrams. 
Fixed bond length can be overridden by holding the shift key down when drawing a 
bond. It is also overridden when a bond is drawn between two existing atoms. 
Click right on a common bond position to change the value to your own preference. 
A click in this box resets the drawing tool to the Pencil tool. 
Click the Reset Atom/Bond button to return to the atom and bond defaults: C for 
carbon atom and a single bond. 
Structure Drawing Tools 
77 
Standard Toolbar in Structure Drawing 
The standard toolbar displays at the top of the Structure Drawing window.  The 
standard toolbar provides quick and easy access to common functions.   
Toolbar Button 
Function 
Open a new Standard STN structure drawing window 
Open existing structure drawing queries 
Save the current structure 
Print the current structure 
Undo the last action 
Cut the selected structure or structure fragment and places it on 
the clipboard 
Copy the selected structure or structure fragment and place it 
on the clipboard 
Paste the clipboard contents into the current structure query 
Display the Shortcut menu which contains shortcuts to insert in 
your query 
Display the Variable Selection menu, which contains variables 
to insert in your query 
Verify the query's attributes 
Fuse two structures or structure fragments together 
Center the structure in the Structure Drawing window 
Display the carbon atoms as C, dots, or angles 
Toggle the use of the reaction drawing mode 
Toggle the use of the Functional Group drawing mode 
Set structure drawing preferences 
Logon to an online vendor 
Show STN Express help topics 
78 
Additional toolbar buttons 
Button 
Function 
Open a new SpecInfo structure 
drawing window 
Open a new WPI structure drawing 
window 
Save the current structure with a new 
name 
Analyze the structure query and 
suggest filters 
View existing filters 
View the existing Functional Group 
p 
command file 
79 
STRUCTURE DRAWING MENUS 
Structure Drawing Menu Bar Content 
The Structure Drawing menu bar displays at the top of the Structure Drawing 
window. 
The menu bar contains the following menus: 
•
File menu 
•
Edit menu 
•
Draw menu 
•
Template menu 
•
QueryDef menu 
•
Display menu 
•
Structure Preferences menu 
•
Window menu 
•
Help menu 
File Menu for Structure Drawing 
Menu Item 
Function 
New 
Opens a new Structure Drawing window 
Open 
Opens an existing structure query 
Close 
Closes the current Structure Drawing window 
Browse 
Browses through the saved structures 
Save 
Saves and name the current structure 
Save As 
Allows you to save a structure in an alternate format 
or with a different file name 
Page Setup 
Allows you to set the page for printing the structure 
Print Preferences 
Allows you to set options for printing the query, such 
as including query attributes or enclosing the query in 
a box 
Print 
Prints the current structure 
Exit 
Exits the structure drawing application 
80 
Edit Menu for Structure Drawing 
Menu Item 
Function 
Undo 
Erases the last function and restores the item to its 
previous condition 
Cut 
Removes a selected structure or fragment and places it 
on the clipboard 
Copy 
Copies a selected structure or fragment to the clipboard 
Paste 
Places the contents of the clipboard at the location of 
your cursor 
Select All 
Selects everything in the Structure Drawing window 
Clear 
Removes a selected structure or fragment 
Clear All 
Clears everything from the Structure Drawing window 
Copy SMILES 
Copies the selected object to the clipboard in SMILES 
format 
Show Clipboard 
Displays the contents of the clipboard 
Repaint 
Forces the screen to re-paint 
nt 
Delete Mappings 
Delete mappings applied with the Atom Mapping tool 
Documents you may be interested
Documents you may be interested