c# convert pdf to image open source : How to save filled out pdf form in reader control Library platform web page asp.net windows web browser Format16-part419

PDB File Format v. 3.2 
Page 157 
SEQADV 
Overview 
The SEQADV record identifies differences between sequence information in the SEQRES records of 
the PDB entry and the sequence database entry given in DBREF.  Please note that these records 
were designed to identify differences and not errors.  No assumption is made as to which database 
contains the correct data.  A comment explaining any engineered differences in the sequence 
between the PDB and the sequence database may also be included here. 
Record Format 
COLUMNS       DATA TYPE     FIELD         DEFINITION 
----------------------------------------------------------------- 
1 -  6       Record name   "SEQADV" 
8 - 11       IDcode        idCode        ID code of this entry. 
13 - 15       Residue name  resName       Name of the PDB residue in conflict. 
17            Character     chainID       PDB chain identifier. 
19 - 22       Integer       seqNum        PDB sequence number. 
23            AChar         iCode         PDB insertion code. 
25 - 28       LString       database 
30 - 38       LString       dbIdCode      Sequence database accession number. 
40 - 42       Residue name  dbRes         Sequence database residue name. 
44 - 48       Integer       dbSeq         Sequence database sequence number. 
50 - 70       LString       conflict      Conflict comment. 
Details 
* In a number of cases, conflicts between the sequences found in PDB entries and in sequence 
database reference entries have been noted. There are several possible reasons for these conflicts, 
including natural variants or engineered sequences (mutants), polymorphic sequences, or ambiguous 
or conflicting experimental results. These discrepancies are reported in SEQADV. Additional details 
may be included in remark 999. 
* When conflicts arise which are not classifiable by these terms, a reference to either a published 
paper, a PDB entry, or a REMARK within the entry is given.  
* The comment "SEE REMARK 999" is included when the explanation for the conflict is too long to fit 
the SEQADV record.  
How to save filled out pdf form in reader - extract form data from PDF in C#.net, ASP.NET, MVC, Ajax, WPF
Help to Read and Extract Field Data from PDF with a Convenient C# Solution
edit pdf form in reader; exporting data from excel to pdf form
How to save filled out pdf form in reader - VB.NET PDF Form Data Read library: extract form data from PDF in vb.net, ASP.NET, MVC, Ajax, WPF
Convenient VB.NET Solution to Read and Extract Field Data from PDF
save pdf forms in reader; can reader edit pdf forms
PDB File Format v. 3.2 
Page 158 
* Some of the possible conflict comments: 
Cloning artifact 
Expression tag 
Conflict 
Engineered 
Variant   
Insertion 
Deletion 
Microheterogeneity 
Chromophore 
. 
* Microheterogeneity is to be represented as a variant with one of the possible residues in the site 
being selected (arbitrarily) as the primary residue. The residues which do not match to the UNP 
reference will be listed in SEQADV records with the expl
anation of “microheterogeneity”.
Verification/Validation/Value Authority Control 
SEQADV records are automatically generated. 
Relationships to Other Record Types 
SEQADV refers to the sequence as found in the SEQRES records, and to the sequence database 
reference found on DBREF. 
REMARK 999 contains text that explains discrepancies when the explanation is too lengthy to fit in 
SEQADV. 
Examples 
1         2         3         4         5         6         7         8 
12345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890 
SEQADV 3ABC MET A   -1  UNP  P10725              EXPRESSION TAG 
SEQADV 3ABC GLY A   50  UNP  P10725    VAL    50 ENGINEERED 
SEQADV 2QLE CRO A   66  UNP  P42212    SER    65 CHROMOPHORE 
SEQADV 2OKW LEU A   64  UNP  P42212    PHE    64 SEE REMARK 999   
VB.NET Image: How to Draw and Cutomize Text Annotation on Image
can adopt these APIs to work out more advanced Fill.Solid_Color = Color.Gray 'set filled shapes color As Bitmap = obj.CreateAnnotation() img.Save(folderName &
extracting data from pdf to excel; sign pdf form reader
VB.NET TIFF: Make Custom Annotations on TIFF Image File in VB.NET
This online guide content is Out Dated! with image, as well as delete and save annotation made set annotation edge color 'set the property of filled shape obj
extracting data from pdf files; exporting pdf form to excel
PDB File Format v. 3.2 
Page 159 
SEQRES (updated) 
Overview 
SEQRES records contain a listing of the consecutive chemical components covalently linked in a 
linear fashion to form a polymer. The chemical components included in this listing may be standard or 
modified amino acid and nucleic acid residues. It may also include other residues that are linked to 
the standard backbone in the polymer. Chemical components or groups covalently linked to side-
chains (in peptides) or sugars and/or bases (in nucleic acid polymers) will not be listed here.  
Record Format 
COLUMNS       DATA TYPE      FIELD        DEFINITION 
------------------------------------------------------------------------------------- 
1 -  6       Record name    "SEQRES" 
8 - 10       Integer        serNum       Serial number of the SEQRES record for the 
current chain. Starts at 1 and increments 
by one each line. Reset to 1 for each chain. 
12            Character      chainID      Chain identifier. This may be any single 
legal character, including a blank which is 
is used if there is only one chain. 
14 - 17       Integer        numRes       Number of residues in the chain. 
This value is repeated on every record. 
20 - 22       Residue name   resName      Residue name. 
24 - 26       Residue name   resName      Residue name. 
28 - 30       Residue name   resName      Residue name. 
32 - 34       Residue name   resName      Residue name. 
36 - 38       Residue name   resName      Residue name. 
40 - 42       Residue name   resName      Residue name. 
44 - 46       Residue name   resName      Residue name. 
48 - 50       Residue name   resName      Residue name. 
52 - 54       Residue name   resName      Residue name. 
56 - 58       Residue name   resName      Residue name. 
60 - 62       Residue name   resName      Residue name. 
64 - 66       Residue name   resName      Residue name. 
68 - 70       Residue name   resName      Residue name. 
Verification/Validation/Value Authority Control 
The residues presented in the ATOM records must agree with those on the SEQRES records. 
The SEQRES records are checked using sequence databases and information provided by the 
depositor. 
SEQRES is compared to the ATOM records during processing, and both are checked against the 
sequence databases. All discrepancies are either resolved or annotated appropriately in the entry.  
VB.NET PDF: Use VB Code to Draw Text and Graphics on PDF Pages for
This online guide content is Out Dated! obj.FontBrush.Solid_Color = Color.Blue 'set filled font color As Bitmap = obj.PDFTextDrawing() img.Save(folderName__1 &
extract data from pdf forms; filling out pdf forms with reader
C#: XDoc.HTML5 Viewer for .NET Online Help Manual
4. FilledRectangle. Click to draw a filled rectangle annotation. Click to save created redaction with customized name. 6. zoomIn. Click to zoom out current file.
how to extract data from pdf to excel; export pdf form data to excel
PDB File Format v. 3.2 
Page 160 
The ribo- and deoxyribonucleotides in the SEQRES records are distinguished.  The ribo- forms of 
these residues are identified with the residue names A, C, G, U and I. The deoxy- forms of these 
residues are identified with the residue names DA, DC, DG, DT and DI. Modified nucleotides in the 
sequence are identified by separate 3-letter residue codes.  The plus character prefix to label 
modified nucleotides (e.g. +A, +C, +T) is no longer used. 
Example 
1         2         3         4         5         6         7         8 
12345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890 
SEQRES   1 A   21  GLY ILE VAL GLU GLN CYS CYS THR SER ILE CYS SER LEU           
SEQRES   2 A   21  TYR GLN LEU GLU ASN TYR CYS ASN                               
SEQRES   1 B   30  PHE VAL ASN GLN HIS LEU CYS GLY SER HIS LEU VAL GLU           
SEQRES   2 B   30  ALA LEU TYR LEU VAL CYS GLY GLU ARG GLY PHE PHE TYR           
SEQRES   3 B   30  THR PRO LYS ALA                                               
SEQRES   1 C   21  GLY ILE VAL GLU GLN CYS CYS THR SER ILE CYS SER LEU           
SEQRES   2 C   21  TYR GLN LEU GLU ASN TYR CYS ASN                               
SEQRES   1 D   30  PHE VAL ASN GLN HIS LEU CYS GLY SER HIS LEU VAL GLU           
SEQRES   2 D   30  ALA LEU TYR LEU VAL CYS GLY GLU ARG GLY PHE PHE TYR           
SEQRES   3 D   30  THR PRO LYS ALA 
SEQRES   1 A    8   DA  DA  DC  DC  DG  DG  DT  DT                               
SEQRES   1 B    8   DA  DA  DC  DC  DG  DG  DT  DT  
SEQRES   1 X   39    U   C   C   C   C   C   G   U   G   C   C   C   A           
SEQRES   2 X   39    U   A   G   C   G   G   C   G   U   G   G   A   A           
SEQRES   3 X   39    C   C   A   C   C   C   G   U   U   C   C   C   A        
Known Problems 
Polysaccharides do not lend themselves to being represented in SEQRES.  
There is no mechanism provided to describe the sequence order if their starting position is unknown.  
For cyclic peptides, a residue is arbitrarily assigned as the N-terminus.  
C# Image: C#.NET Code to Add Rectangle Annotation to Images &
Add-on successfully stands itself out from other C# Color.Gray;//set filled shape color img = obj.CreateAnnotation(); img.Save(folderName + "RectangleAnnotation
export excel to pdf form; vb extract data from pdf
PDB File Format v. 3.2 
Page 161 
MODRES (updated) 
Overview 
The MODRES record provides descriptions of modifications (e.g., chemical or post-translational) to 
protein and nucleic acid residues. Included are correlations between residue names given in a PDB 
entry and standard residues.  
Record Format 
COLUMNS       DATA TYPE     FIELD       DEFINITION 
-------------------------------------------------------------------------------- 
1 -  6       Record name   "MODRES" 
8 - 11       IDcode        idCode      ID code of this entry. 
13 - 15       Residue name  resName     Residue name used in this entry. 
17            Character     chainID     Chain identifier. 
19 - 22       Integer       seqNum      Sequence number. 
23            AChar         iCode       Insertion code. 
25 - 27       Residue name  stdRes      Standard residue name. 
30 - 70       String        comment     Description of the residue modification. 
Details 
* Residues modified post-translationally, enzymatically, or by design are described in MODRES 
records. In those cases where the wwPDB has opted to use a non-standard residue name for the 
residue, MODRES also correlates the new name to the precursor standard residue name.  
* Modified nucleotides in the sequence are now identified by separate 3-letter residue codes.  The 
plus character prefix to label modified nucleotides (e.g. +A, +C, +T) is no longer used. 
* MODRES is mandatory when modified standard residues exist in the entry. Examples of some 
modification descriptions:  
Glycosylation site 
Post-translational modification 
Designed chemical modification 
Phosphorylation site 
D-configuration 
* A MODRES record is not required if coordinate records are not provided for the modified residue. 
PDB File Format v. 3.2 
Page 162 
* D-amino acids are given their own residue name (resName), i.e., DAL for D-alanine. This resName 
appears in the SEQRES records, and has the associated MODRES, HET, and FORMUL records. 
The coordinates are given as HETATMs within the ATOM records and occur in the correct order 
within the chain. This ordering is an exception to the stated Order of Records.  
* When a standard residue name is used to describe a modified site, resName (columns 13-15) and 
stdRES (columns 25-27) contain the same value.  
Verification/Validation/Value Authority Control 
MODRES is generated by the wwPDB. 
Relationships to Other Record Types 
MODRES maps ATOM and HETATM records to the standard residue names.  HET, and 
FORMUL may also appear. 
Example 
1         2         3         4         5         6         7         8 
12345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890 
MODRES 2R0L ASN A   74  ASN  GLYCOSYLATION SITE    
MODRES 1IL2 1MG D 1937    G  1N-METHYLGUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE   
MODRES 4ABC MSE B   32  MET  SELENOMETHIONINE 
PDB File Format v. 3.2 
Page 163 
4. Heterogen Section (updated) 
The heterogen section of a PDB formatted file contains the complete description of non-standard 
residues in the entry. Detailed chemical definitions of non-polymer chemical components are 
described in the Chemical Component Dictionary (ftp://ftp.wwpdb.org/pub/pdb/data/monomers
)   
HET 
HET records are used to describe non-standard residues, such as prosthetic groups, inhibitors, 
solvent molecules, and ions for which coordinates are supplied. Groups are considered HET if they 
are not part of a biological polymer described in SEQRES and considered to be a molecule bound to 
the polymer, or they are a chemical species that constitute part of a biological polymer and is not one 
of the following: 
standard amino acids, or 
standard nucleic acids (C, G, A, U, I, DC, DG, DA, DU, DT and DI), or 
unknown amino acid (UNK) or nucleic acid (N) where UNK and N  are used to indicate the 
unknown residue name. 
HET records also describe chemical components for which the chemical identity is unknown, in which 
case the group is assigned the hetID UNL (Unknown Ligand). 
The heterogen section of a PDB formatted file contains the complete description of non-standard 
residues in the entry. 
Record Format 
COLUMNS       DATA TYPE     FIELD         DEFINITION 
--------------------------------------------------------------------------------- 
1 -  6       Record name   "HET   " 
8 - 10       LString(3)    hetID         Het identifier, right-justified. 
13            Character     ChainID       Chain identifier. 
14 - 17       Integer       seqNum        Sequence number. 
18            AChar         iCode         Insertion code. 
21 - 25       Integer       numHetAtoms   Number of HETATM records for the group 
present in the entry. 
31 - 70       String        text          Text describing Het group. 
PDB File Format v. 3.2 
Page 164 
Details 
* Each HET group is assigned a hetID of not more than three (3) alphanumeric characters. The 
sequence number, chain identifier, insertion code, and number of coordinate records are given for 
each occurrence of the HET group in the entry. The chemical name of the HET group is given in the 
HETNAM record and synonyms for the chemical name are given in the HETSYN records, see 
ftp://ftp.wwpdb.org/pub/pdb/data/monomers
. 
* There is a separate HET record for each occurrence of the HET group in an entry. 
* A particular HET group is represented in the PDB archive with a unique hetID. 
* PDB entries do not have HET records for water molecules, deuterated water, or methanol (when 
used as solvent). 
* Unknown atoms or ions will be represented as UNX with the chemical formula X1.  Unknown 
ligands are UNL; unknown amino acids are UNK. 
Verification/Validation/Value Authority Control 
For each het group that appears in the entry, the wwPDB checks that the corresponding HET, 
HETNAM, HETSYN, FORMUL, HETATM, and CONECT records appear, if applicable. The HET 
record is generated automatically using the Chemical Component Dictionary and information from the 
HETATM records.  
Each unique hetID represents a unique molecule. 
Relationships to Other Record Types 
For each het group that appears in the entry, there must be corresponding HET, HETNAM, HETSYN, 
FORMUL,HETATM, and CONECT records. LINK records may also be created. 
Example 
1         2         3         4         5         6         7         8 
12345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890 
HET    TRS    975       8 
HET    UDP  A1457      25                                                        
HET    B3P  A1458      19   
HET    NAG  Y   3      15  
HET    FUC  Y   4      10  
HET    NON  Y   5      12  
HET    UNK  A 161       1      
PDB File Format v. 3.2 
Page 165 
HETNAM 
Overview 
This record gives the chemical name of the compound with the given hetID. 
Record Format 
COLUMNS       DATA TYPE     FIELD          DEFINITION 
---------------------------------------------------------------------------- 
1 -  6       Record name   "HETNAM" 
9 - 10       Continuation  continuation   Allows concatenation of multiple records. 
12 - 14       LString(3)    hetID          Het identifier, right-justified. 
16 - 70       String        text           Chemical name. 
Details 
* Each hetID is assigned a unique chemical name for the HETNAM record, see 
ftp://ftp.wwpdb.org/pub/pdb/data/monomers
. 
* Other names for the group are given on HETSYN records. 
* PDB entries follow IUPAC/IUB naming conventions to describe groups systematically. 
* The special character “~” is used to indicate superscript in a heterogen name. For example: 
N
6
will be listed in the HETNAM section as N~6~, with the ~ character indicating both the start  
and end of the superscript in the name, e.g.,  
N-(BENZYLSULFONYL)SERYL-N~1~-{4-[AMINO(IMINO)METHYL]BENZYL}GLYCINAMIDE 
* Continuation of chemical names onto subsequent records is allowed. 
* Only one HETNAM record is included for a given hetID, even if the same hetID appears on more 
than one HET record.  
Verification/Validation/Value Authority Control  
For each het group that appears in the entry, the corresponding HET, HETNAM, FORMUL, HETATM, 
and CONECT records must appear. The HETNAM record is generated automatically using the 
Chemical Component Dictionary and information from HETATM records.  
Relationships to Other Record Types 
For each het group that appears in the entry, there must be corresponding HET, HETNAM, FORMUL, 
HETATM, and CONECT records. HETSYN and LINK records may also be created. 
PDB File Format v. 3.2 
Page 166 
Example 
1         2         3         4         5         6         7         8 
12345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890 
HETNAM     NAG N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE 
HETNAM     SAD BETA-METHYLENE SELENAZOLE-4-CARBOXAMIDE ADENINE 
HETNAM  2  SAD DINUCLEOTIDE 
HETNAM     UDP URIDINE-5'-DIPHOSPHATE  
HETNAM     UNX UNKNOWN ATOM OR ION 
HETNAM     UNL UNKNOWN LIGAND  
HETNAM     B3P 2-[3-(2-HYDROXY-1,1-DIHYDROXYMETHYL-ETHYLAMINO)-                  
HETNAM   2 B3P  PROPYLAMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL        
Documents you may be interested
Documents you may be interested