create pdf thumbnail image c# : Adding image to pdf form control Library platform web page .net asp.net web browser AcrobatFile0-part986

Schrödinger Press
General Utilities
Schrödinger Suite 2010
Adding image to pdf form - C# PDF Field Edit Library: insert, delete, update pdf form field in C#.net, ASP.NET, MVC, Ajax, WPF
Online C# Tutorial to Insert, Delete and Update Fields in PDF Document
pdf editable fields; change font size in pdf fillable form
Adding image to pdf form - VB.NET PDF Field Edit library: insert, delete, update pdf form field in vb.net, ASP.NET, MVC, Ajax, WPF
How to Insert, Delete and Update Fields in PDF Document with VB.NET Demo Code
android edit pdf forms; add fields to pdf form
General Utilities Copyright © 2010 Schrödinger, LLC. All rights reserved.
While care has been taken in the preparation of this publication, Schrödinger
assumes no responsibility for errors or omissions, or for damages resulting from
the use of the information contained herein.
Canvas, CombiGlide, ConfGen, Epik, Glide, Impact, Jaguar, Liaison, LigPrep,
Maestro,Phase,Prime, PrimeX,QikProp,QikFit, QikSim, QSite, SiteMap, Strike,and
WaterMap are trademarks of Schrödinger, LLC. Schrödinger and MacroModel are
registered trademarks of Schrödinger, LLC. MCPRO is a trademark of William L.
Jorgensen. Desmond is a trademark of D. E. Shaw Research. Desmond is used with
the permission of D. E. Shaw Research. All rights reserved. This publication may
contain the trademarks of other companies.
Schrödinger software includes software and libraries provided by third parties. For
details of the copyrights, and terms and conditions associated with such included
third party software,see theLegal Noticesfor Third-Party Softwareinyour product
installation at $SCHRODINGER/docs/html/third_party_legal.html (Linux OS) or
%SCHRODINGER%\docs\html\third_party_legal.html (Windows OS).
This publication may refer to other third party software not included in or with
Schrödinger software("such other third partysoftware"),and provide links to third
party Web sites ("linked sites").  References to such other third party software or
linked sites do not constitute an endorsement by Schrödinger, LLC.  Use of such
other third party software and linked sites may be subject to third party license
agreements and fees. Schrödinger, LLC and its affiliates have no responsibility or
liability, directly or indirectly, for such other third party software and linked sites,
or for damage resulting from the use thereof.  Any warranties that we make
regarding Schrödinger products andservicesdonot applytosuch other third party
software or linked sites, or to the interaction between, or interoperability of,
Schrödinger products and services and such other third party software.
September 2010
C# PDF insert image Library: insert images into PDF in C#.net, ASP
Insert images into PDF form field. To help you solve this technical problem, we provide this C#.NET PDF image adding control, XDoc.PDF for .NET.
create a fillable pdf form from a word document; create a pdf form to fill out
VB.NET PDF Page Insert Library: insert pages into PDF file in vb.
Support adding PDF page number. Offer PDF page break inserting function. DLLs for Adding Page into PDF Document in VB.NET Class. Add necessary references:
pdf save form data; pdf add signature field
General Utilities
3
Contents
Document Conventions
..................................................................................................................5
General Utilities
................................................................................................................................7
Structure Format Conversion
..................................................................................................7
1.1 Conversion Between Various Formats: structconvert....................................................7
1.2 Conversion To and From PDB Format: pdbconvert.......................................................9
1.2.1 Conversion Behavior for Importing PDB
..............................................................11
1.2.2 Conversion Error Codes for pdbconvert
..............................................................12
1.2.3 Using Templates for Nonstandard Residues
........................................................12
1.2.4 Correcting Specific Errors
..................................................................................13
1.3 Conversion To and From SD Format: sdconvert..........................................................14
1.4 Conversion To and From Mol2 Format........................................................................15
1.5 Conversion To and From SMILES: uniquesmiles........................................................16
Structure Extraction and Filtering
........................................................................................17
2.1 maesubset...................................................................................................................17
2.2 sdsubset .....................................................................................................................18
2.3 getpdb..........................................................................................................................19
2.4 propfilter...................................................................................................................... .20
2.5 ligfilter....................................................................................................................... ...21
Utilities for Maestro Files
........................................................................................................23
3.1 Listing of Properties:proplister.....................................................................................23
3.2 Structure Preparation: applyhtreat...............................................................................24
3.3 Assigning Unique Names: unique_names...................................................................26
VB.NET PDF Library SDK to view, edit, convert, process PDF file
PDF document to/from supported document and image forms. to define text or images on PDF document and Capable of adding PDF file navigation features to your VB
add image to pdf form; change font in pdf form
C# PDF Page Insert Library: insert pages into PDF file in C#.net
By using reliable APIs, C# programmers are capable of adding and inserting (empty) PDF page or pages from various file formats, such as PDF, Tiff, Word, Excel
create a form in pdf from word; add email button to pdf form
Schrödinger Suite 2010
4
C# Word - Insert Image to Word Page in C#.NET
VB.NET Protect: Add Password to PDF; VB.NET Form: extract value VB.NET How-to, VB.NET PDF, VB.NET Word, VB It's a demo code for adding image to word page using
convert word document to editable pdf form; add photo to pdf form
C# PDF insert text Library: insert text into PDF content in C#.net
Supports adding text to PDF in preview without adobe reader installed in ASP.NET. Powerful .NET PDF edit control allows modify existing scanned PDF text.
add text field to pdf acrobat; create pdf form
General Utilities
5
Document Conventions
In addition to the use of italics for names of documents, the font conventions that are used in
this document are summarized in the table below.
Links to other locations in the current document or to other PDF documents are colored like
this:Document Conventions.
In descriptions of command syntax, the following UNIX conventions are used: braces
{ }
enclose a choice of required items, square brackets
[ ]
enclose optional items, and the bar
symbol
|
separates items in a list from which one item must be chosen. Lines of command
syntax that wrap should be interpreted as a single command.
File name, path, and environment variable syntax is generally given with the UNIX conven-
tions. To obtain the Windows conventions, replace the forward slash / with the backslash \ in
path or directory names, and replace the $ at the beginning of an environment variable with a
%at eachend. For example,
$SCHRODINGER/maestro
becomes
%SCHRODINGER%\maestro
.
In this document, totype text means to type the required text in the specified location, and to
enter text means to type the required text, then press the
ENTER
key.
References to literature sources are given in square brackets, like this: [10].
Font
Example
Use
Sans serif
Project Table
Names ofGUIfeatures, suchaspanels,menus,
menu items, buttons, and labels
Monospace
$SCHRODINGER/maestro
File names, directory names, commands, envi-
ronment variables, and screen output
Italic
filename
Text that the user must replace with a value
Sans serif
uppercase
CTRL+H
Keyboard keys
C# PDF Library SDK to view, edit, convert, process PDF file for C#
Capable of adding PDF file navigation features to your C# program. You may easily generate thumbnail image from PDF. C#.NET: PDF Form Field Edit.
chrome save pdf form; add submit button to pdf form
C# PowerPoint - Insert Image to PowerPoint File Page in C#.NET
C# Read: PDF Image Extract; C# Write: Insert text into PDF; C# Write: Add Image to PDF; C# Protect: Add Password to PDF; C# Form: extract value from fields; C#
pdf form save in reader; change tab order in pdf form
Schrödinger Suite 2010
6
VB.NET Image: How to Draw Annotation on Doc Images with Image SDK
multi-page TIFF, Microsoft Office Word and PDF file programmer, you might need some other image annotating tutorials besides adding annotation using VB
change font size pdf form reader; convert word doc to pdf with editable fields
C# PDF Password Library: add, remove, edit PDF file password in C#
Following are examples for adding password to a plain PDF passwordSetting.IsAnnot = true; // Allow to fill form. IsAssemble = true; // Add password to PDF file
adding text to a pdf form; can reader edit pdf forms
General Utilities
7
General Utilities
General Utilities
This document describes the general utilities that are available in the
utilities
directory of
the installation. Utilities that are partof a specific product are describedwith that product. Util-
ities are intended to run in a Linux shell, and the syntax and descriptions are given on this
basis. On Windows, you can open a SchrodingerShell window to run utilities.
Asummary of all utilities in the
utilities
directory is given in theSchrödingerUtilities
quick reference sheet.
1
Structure Format Conversion
This section describes the utilities available for conversion between various file formats for
molecular structures. These utilities are used by Maestro for structure conversion when
importing or exporting structures.
Some of these utilities allow a range of structures to be specified. A range specification is a
comma-separated list of indices or ranges, with no spaces. A range is defined by the endpoints
of the index range, separated by a colon. Examples of valid range specifications are:
1.1
Conversion Between Various Formats: structconvert
This utility converts between Maestro, MDL SD, PDB, Sybyl Mol2, SMILES, and Macro-
Model format files. The entire contents of the file are converted, with the exception that only
the first structure is written when writing to PDB format. The syntax is as follows:
structconvert [
options
] [-i[
format
]]
inputfile
[-o[
format
]]
outputfile
whereformat can be one of the following:
1,4
structures 1 and 4
1:10,14
structures 1 through 10 and 14
2:
structures 2 through the end of file
:5,13:18
structures 1 through 5 and 13 through 18
General Utilities
Schrödinger Suite 2010
8
If the
-i
and
-o
format options are omitted, the file extensions are used to determine the
format, which can include conversion between compressed and uncompressed versions of the
same file format. The options are described in Table1.
The format conversions have the following limitations:
• PDB and SMILES format cannot be interconverted.
• Only the first structure is written when writing to PDB format.
• Structures cannot be written to the obsolete MacroModel
.dat
format.
• SMILES cannot be directly converted to Maestro format.
For conversion to and from PDB format,
structconvert
supports all the options that are
supported by
pdbconvert
—see Table2.
mae
Maestro format
sd
V2000 SDfile format
mm
MacroModel (
.dat
) format (input only)
pdb
PDB format
mol2
Sybyl (
.mol2
) format
smi
SMILES format
csv
CSV file with SMILES for structure
Table 1. Options for the structconvert command.
Option
Description
-a
Append to output file instead of overwriting
-stereo=
stereo
Specify stereochemistry source when writing to SMILES.
none
—don’t include stereochemistry
3d
—derive stereochemistry from the 3d structure (default)
annotation
—derive stereochemistry from pre-existing properties
-n
range
Specify the range of structures from the input file to convert. The format of
range is described above. Only valid for conversion between Maestro, SD, and
Mol2 format.
-name
column
Specify the column in the CSV file that contains the title. Can be given as the
column index (starting at 1) or the column name. Only valid with
-icsv
.
-smi
column
Specify the column in the CSV file that contains the SMILES string. Can be
given as the column index (starting at 1) or the column name. Only valid with
–icsv
.
General Utilities
General Utilities
9
1.2
Merging Files with Format Conversion: structcat
This utility merges several files of the same type and writes them out to a single file, with
format conversion if the file type is different. If the output file type is PDB, multi-structure
input files are split into separate PDB files, rather than merged. The syntax of the command is:
structcat -i
format inputfile
[-i
format inputfile
2 ...] [-o
format
]
outputfile
whereformat can be one of the following:
Conversions are performed with the utilities described here, except that SMILES conversion is
done with libraries from Canvas. If the output format is omitted, the format is determined from
the file extension. Compressed files can be used, and different input file formats can be used.
1.3
Conversion To and From PDB Format: pdbconvert
This section describes the command-line utility version of the program that converts files
between PDB, MacroModel, and Maestro formats. For information on PDB conversion within
the Maestro GUI, seeSection3.1.5 on page39. The syntax of the command is:
pdbconvert [
options
] -i
fmt inputfile
-o
fmt outputfile
wherefmt is one of
pdb
,
mae
(Maestro) or
mm
(MacroModel). Either the input or output file
must be a PDB file—or both, for PDB-to-PDB conversion. Compressed PDB (
.pdb.gz
,
.pdbgz
,
.ent.gz
,
.entgz
) and Maestro (
.mae.gz
,
.maegz
) files are supported. The
options are described inTable2.
In the converted file, the title property is set to the PDB ID (
s_m_title
in Maestro files), and
the PDB title is stored in a new property, PDB_TITLE (
s_pdb_PDB_TITLE
in Maestro files).
mae
Maestro format
sd
V2000 SDfile format
pdb
PDB format
mol2
Sybyl (
.mol2
) format
smi
SMILES format
General Utilities
Schrödinger Suite 2010
10
Table 2. Options for the pdbconvert command.
Option
Description
-all_occ
Read all alternate locations. Same as
-occ all
.
-brief
When writing PDB files, write only the ATOM, HETATM,
CONECT, title, and pdb version records.
-charge
method
Specify method for adjusting the charges on the termini. Allowed
values are:
ph7_protonate_caps
—protonate termini. Termini are identi-
fied from SEQRES records if available (default).
full
—protonate termini and chain breaks.
neutral
—do not protonate termini, leave them neutral.
-data
datafile
Readdatafile formore default data,such astemplates, charge infor-
mation, and multiple bond distances.
-first_occ
Read the first of a set of alternate locations. Same as
-occ first
.
-hex
Use hexadecimal encoding for atom numbers greater than 99999
and for residue numbers greater than 9999.
-histidine
type
Specify how to treat histidine (HIS) residues that lack hydrogens.
Allowed values oftype are:
delta
Treat histidine as HID (default).
epsilon
Treat histidine as HIE.
protonated
Treat histidine as HIP.
-hybrid36
Use the hybrid36 scheme for atom serial numbers. On input, inte-
gers of up to 6 digits and hexadecimal numbers are recognized on
ATOM records by default. On output, the default is to use integers
forlessthan 100000 atoms, and hexadecimal for 100000 atoms or
more.
-ignore_obsolete
Ignore
OBSOLETE
records in the PDB file. Default is to fail.
-model
number
Specify an input model other than the first, for PDB to Maestro
conversion.
-multbonds
Predict multiple bonds by geometry.
-n
list
Range of structures to convert from Maestro to PDB format. See
page 7 for syntax. Default: convert all structures.
-no_color
Color atoms by type, not “error code”
-no_dup_conect
For PDB input, do not interpret duplicate
CONECT
records to mean
multiple bonds. For PDB output, do not write duplicate
CONECT
records to represent multiple bonds.
-no_fixelem
Do not attempt torecognize branch codesin nameslike
'AC3*'
or
'NN7 '
, so that the proper element can be determined.
Documents you may be interested
Documents you may be interested